新三板公司并购的基本流程为：
明确并购动机与目的→制定并购战略→成立并购小组→选择并购顾问→寻找和确定并购目标→聘请法律和税务顾问→与目标公司股东接洽→签订意向书→制定并购后对目标公司的业务整合计划→开展尽职调查→谈判和起草并购协议→签约、成交。
公司并购过程一般可分准备阶段、谈判阶段和签约、成交阶段，其具体步骤为：
(一)准备阶段
1.明确并购动机和目的
企业首先应明确为何要进行并购重组，通过并购想达到什么目的。企业并购的动机一般不外乎扩大市场份额、排挤竞争对手、提高利润率、分散投资风险、获取品牌和销售渠道等。企业应评价结合自身结构能力，包括内部收购团队组建、自身战略的、运营的、财务的能力分析，对本公司和所在行业今后的发展趋势，商业机会，领军人物和风险等因素进行测算，确定那些活动可以给企业交易带来带来附加值。
2.制定并购战略
在制定并购战略时，要选定目标公司的行业及其产品、目标公司所在的国家及目标公司的规模(销售额和税前利润)，一旦发现合适机会，企业应就并购可能性和企业内部利用市场优势避免风险的解决方法进行评估，并对目标公司产品的销售市场及产业发展前景进行全面的分析，在此基础上初步设定并购成本，策划一个大致的并购方案。
3.成立内部并购小组
内部并购小组应由公司领导挂帅、各有关部门领导组成，并购小组应熟悉评估过程中涉及的法律，会计，财政等各方面的知识，以保障快速应变和决策及对外联络的畅通。
4.选择并购投资总顾问
并购目标一旦选定，即用不同的方法对目标企业进行价值评估。因为如果收购价格过高，股东的投资回报就受到影响。一般选择知名的咨询公司、会计公司或律师事务所担任并购投资总顾问(lead advisor)，如果是大型跨国并购，则需聘请投资银行担任并购总顾问。
(二)谈判阶段
1.寻找目标公司：一般需与并购总顾问签约，委托其在规定的期限内寻找目标企业。
2.与并购总顾问讨论初选名单，从中筛选出3至5家较为理想的目标公司。
3.让并购总顾问出面了解目标公司的股东背景、股权分配和董事会意向及心理价位等情况，并向股东发出正式的接洽邀请。
4.聘请税务、审计顾问和律师参加与目标公司的谈判。
5.签订并购意向书(letter of intent)
意向书内容包括并购意向、非正式报价、保密义务和排他性等条款。意向书一般不具法律效力，但保密条款具有法律效力，所有参与谈判的人员都要恪守商业机密，以保证即使并购不成功，并购方的意图不会过早地被外界知道，目标公司的利益也能得到维护。
6.制定对目标企业并购后的业务整合计划(business plan)
整合计划包括对目标公司并购后的股权结构、投资规模、经营方针、融资方式、人员安排等内容。整合计划是赢得政府担保和商业银行贷款的关键因素。新公司应具备一个双方都认可的明确的远景规划。规划应尽早作出，并附有详细计划。
7.开展尽职调查(due diligence)
从财务、法律、技术、税务、制度控制、合同、养老金和知识产权等方面对目标公司进行资产评估与财务审查，摸清目标公司的负债结构、偿还能力、盈利来源与前景等真实情况，以降低并购风险。在开始做尽职调查前，应准备好给目标公司的问题清单，并协商好进入资料室及实地考察的时间。
8.与目标公司股东谈判，讨论尽职调查报告，起草并购协议。
(三)签约、成交阶段
买卖双方就并购合同达成一致后，即可安排合同的签署时间和地点等细节。并购有限责任公司的合同文本需经德公证机关公证。
并购合同应对资产移交手续有明确的规定。并购方一般先将合同款项汇入公证师的帐下，待全部资产和文件经清点和核准无误后，方通知公证师付款，同时将资产转移到并购方名下。至此，并购才算正式结束
