特殊普通合伙企业是指以专门知识和技能为客户提供有偿服务的专业服务机构，这些服务机构可以设立为特殊的普通合伙企业。凡事有利必有弊，那么，特殊普通合伙企业有哪些劣势呢?
1、加大了合伙交易相对人的风险
特殊普通合伙企业赋予无过错合伙人承担有限责任，割断了合伙人之间的无限连带责任，使有限责任合伙人的个人财产与合伙共同经营管理的财产相分离，实际上缩小了向合伙债权人承担债务责任财产的范畴。这就将部分本来应由合伙人承担的经营风险转嫁给了债权人。正因为如此，我国《合伙企业法》第56条才要求特殊普通合伙企业名称中应当标明“特殊普通合伙”字样，以向交易相对人警示风险。违反者，由企业登记机关责令限期改正，处以2000元以上10000万元以下的罚款。另外，在与合伙交易时，它使交易相对人关于交易风险的评估由统一的标准变为多个指标。在普通合伙的情况下，由于合伙人承担无限连带责任，相对人只须关注合伙人的个人财产及信誉，即可;而在特殊普通合伙的情形下，相对人既要区分哪些人是无限责任合伙人，哪些人是有限责任合伙人，又要考察合伙是否提供了足额的替代责任资源，以及合伙人的个人财产状况。这无疑会加大交易相对人的成本。为了防止特殊普通合伙企业与债权人风险分担方面，可能出现的失衡现象，加利福尼亚州的法律规定，合伙不能偿付到期债务时，或合伙的资产额不能偿付应当偿付的合伙内优先权时，不得进行红利分派。英国《有限责任合伙法》规定：“如果在清算前两年内，合伙成员提款时知道合伙已无法清偿到期债务，或者预见到合伙在自己单独提款或与其他成员一起提款后变得无清偿能力，则清算人可以行使资产取回权。”我国有学者主张，特殊普通合伙企业“一方面有利于促进这些职业的健康发展，另一方面也不过多损害利害关系人的利益。”甚至有学者主张，对特殊普通合伙企业中的有限责任合伙人的出资类型应加以限制，并设置出资最低限额的限制。
2、增加了司法审判成本
由于在特殊普通合伙企业的立法中，无论是无限连带责任或是有限责任，法律并没有直接分配给特定合伙人，而将其交给了法官在个案的审判过程中加以确定。这无形中加重了法官的负担，法官在涉及有关特殊普通合伙的债权、债务纠纷时，除了甄别、采信证据进行事实判断，确认责任外，并通过认定执业合伙人有无过错，在我国还要求法官进一步划分重大过失与非重大过失，以便区分合伙人之间承担责任性质，即落实哪些合伙人应承担有限责任，哪些合伙人必须承担无限连带责任。
3、利益冲突复杂化
特殊普通合伙企业这种制度的创新设计，不仅加剧了合伙人与债权人之间的利益冲突，而且会激发合伙人之间新的利益冲突。一方面，由于一部分合伙人获得了割断无限连带责任的保护，加大了债权人的交易风险。为了控制和防范风险，在交易时债权人只得要求所有的合伙人都在相关的文件上签字以便证明该行为处于其直接控制和监督之下，或者要求所有的合伙人出具对该项债务承担连带责任的保证书。交易变得复杂化，不仅拉长了完成交易的时间，降低了效率，而且会使交易成本上升。另外，合伙人之间因承担责任性质，轻重有别，就会对合伙的某些事务产生利益分歧。例如，在合伙利益分派方面，那些受有限责任保护的合伙人倾向于更多、更高的利益分配;而那些须承担无限连带责任的合伙人则希望合伙维持较大财产额，以避免被追索直接个人责任。
