合伙企业是人合性企业，人合企业比较注重合伙人之间的协议，许多企业重大经营问题的确立和决定都要通过协议来进行。故而协议的内容一是比较具体；二是比较全面，内容囊括企业经营的各方面。相比之下，有关法律的规定则比较原则，内容也比较简单。因而在实际执行中，往往可能发生协议的内容法律无规定或与法律规定不一致的情况。对于协议内容法律无规定的情况，显而易见应按协议执行，而对于协议内容与法律规定不一致的情况如何处理呢？对此，有人认为应依法律执行；也有人认为应依协议执行。我们说，对这个问题不能一概而论，应根据具体情况具体处理。
一般而言，涉及企业经营方面的问题，这类问题通常影响到与交易相对人、合伙人以外的其他人（如企业招用人员）的利益和社会公共利益等方面，这些方面的内容不是合伙人之间的协商可以确定的，故在这些方面如合伙协议的规定与有关法律的规定不一致的，应依法律为准，法律有规定的应执行法律规定；法律无规定，协议有规定而又不违背法律规定原则的，可依协议规定执行。
对于涉及企业合伙人之间关系方面的问题，包括合伙事务的执行，企业经营收益的分配比例，企业亏损的分担方法等，这类问题只涉及合伙人之间的权利义务等内容，合伙人之间有权也有能力进行协商，作出比较公正而大家也都能接受规定。因此对于这方面的内容，应依协议为准，即协议有规定的，依协议执行，协议无规定的，方依法律执行，协议规定与法律规定不一致的，只要不违背立法的基本原则也可按协议执行。对此，合伙企业法作了类似的规定。如第三十二条规定：“合伙企业的利润和亏损，由合伙人依照合伙协议约定的比例分配和分担；合伙协议未约定利润分配和亏损分担比例的，由各合伙人平均分配和分担”。即法律规定的是平均分配利润和分担亏损的方法，企业可以不执行这一方法，而约定其他利润和亏损分配分担方法。但如果约定将全部利润分配给部分合伙人或者由部分合伙人承担全部亏损，则这一约定违反法律规定的原则应属无效。
