1.落实股东出资争议的司法审计制度
在认缴资本制下，无论是股东坚守抽逃出资的老路，还是采用低值高估的新策，债权人都将失去强制验资下的举证便利，甚至连法律要求提交的初步证据也难以获取。除非股东自愿选择专业机构验资或评估，否则，面对公司内部掌控的财务账册，审判人员很难从纷繁复杂的材料中得出股东出资情况的精准结论。当事人对出资争议较大的，可依据当事人申请或者法院依职权委托审计、评估机构进行专业审核。
2.加大股东已履行出资义务的举证责任
取消有限责任公司、一人公司、股份有限公司最低注册资本限制后，在不考虑其他要求时，同样认缴资本可设立不同形式的公司，可能出现众多事实上的一人公司，由控股股东一人经营，以规避一人公司的举证责任。而且改革后公司财产与股东财产混同风险加剧。对此，建议参照《公司法》第六十三条“一人有限责任公司的股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的，应当对公司债务承担连带责任”的规定，将股东已经按期足额出资的举证责任倒置，以减轻债权人举证责任，确保诉讼程序公平。
3.坚持对股东出资不当的推定原则
货币出资比例的取消，意味着股东可以对非货币出资形式和价值自行约定，但房产、知识产权等价值容易波动的内在属性也为出资争议埋下隐患。如果股东出资当时没有评估作价，则应在后期发生争议时坚持对股东不利的推定原则。
