新《公司法》从制度上完善了公司治理机制，有助于解决公司中存在的代理问题。公司中的代理问题包括两个方面：
一方面，如果公司的股东都比较分散，没有控股股东的存在，控制权可能落入企业内部的经理人员手中，经理人员会以股东的利益为代价寻求自身的利益；
另一方面，如果公司存在控股股东，控股股东也有可能利用对公司内部人员的控制，损害少数股东的利益。
新《公司法》从几个方面完善了公司治理机制。首先，进一步落实了股东的权利。股东获得了查阅公司会计账簿、财务报告和其他有关材料的权利，这些权利保证了股东的知情权，从而减少了股东所面临的信息不对称，避免了因此而导致的内部人的机会主义行为。
少数股东获得了股东大会的召集权、主持权和提案权，这些权利从程序上保护了少数股东的权利，避免了内部人员可能利用对程序的操纵损害股东利益的行为。股东选举董事、监事可以实行累积投票制，累积投票制可以保证代表少数股东利益的董事和监事当选，避免了董事会和监事会完全受制于控股股东和内部人的问题。
股东如果对公司决议持有异议，可以要求公司按照合理价格收购其股权，如果公司陷入困境，股东可以要求解散公司。股权收买请求权和解散权使股东获得了退出（ｅｘｉｔ）的权利，这是股东维护自己利益的底线，也就是说，必要的时候股东可以用脚投票，避免更大程度的损失。
其次，新《公司法》规定了董事、监事和高级管理人员对公司的忠实义务和勤勉义务以及赔偿责任，这实际上是一种事后的惩罚机制。
也就是说，由于事前很难说清在什么情况下经理人员的何种行为对股东造成了什么性质的损害，公司法可以在损害股东利益的行为发生后，对经理人员进行惩罚，从而在事前有效地阻吓可能发生的机会主义行为，维护投资者的利益。
第三，新《公司法》加强了监事会的职权。监事会获得了股东会的召集权、主持权和提案权，罢免董事和经理人员的建议权以及对董事和经理人员的诉讼权。监事会获得的这些权利使其在代表股东利益履行职责时，获得了有效的手段。
