我国公司法没有直接规定公司合并无效制度。但是由于公司合并是参与合并的公司基于合并合同而进行的法律行为，如合并行为存在违反法律、行政法规的强制性规范的事由，利害关系人当然可以提起请求确认无效之诉。在此类诉讼中，应注意以下三个方面的问题：
（一）合并无效的原因
公司合并只要违反了法律和行政法规的强制性规范，都可以作为合并无效的原因。在实务中，违反下列强制性规范是常见的导致公司合并无效的原因：
1、违反公司法第38条和103条规定，公司合并应经股东（大）会决议。
2、违反公司法第183条规定，股份有限公司合并，必须经主管机关批准。
3、违反公司法第184条规定，债权人要求公司清偿债务或者提供相应担保，但公司不清偿债务或者不提供相应的担保。
（二）无效原因的补正
虽然公司合并存在无效的原因，但为了保护交易的安全，稳定社会关系，在法院判决合并无效之前，应给予当事人以补正的机会。若当事人在法院判决前，补正有关无效原因，合并应确认有效。《关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》第30条规定：“企业兼并协议自当事人签字盖章之日起生效。需经政府主管部门批准的，兼并协议自批准之日起生效;未经批准的，企业兼并协议不生效。但当事人在一审法庭辩论终结前补办报批手续的，人民法院应当确认该兼并协议有效。”
（三）合并无效的法律后果
1、恢复到合并前的状态。在吸收合并中，消灭公司应从存续公司中分离，存续公司进行变更。
2、无效判决的溯及力的限制。合并无效的判决只对将来有效，不影响此前存续公司以合并有效为前提而产生的法律关系。如果合并无效判决溯及既往，自合并开始无效，则影响交易安全，导致法律关系混乱，损害第三利益。
3、缔约过失责任。我国合同法第58条后句的规定。
