实践中，当控股股东通过关联交易损害公司利益时，公司一般会依据《公司法》第二十一条“控股股东禁止关联交易条款”请求股东赔偿损失，此时被告会以交易已经履行信息披露或经股东会或者股东大会同意等法律、行政法规或者公司章程规定的程序为由，进行抗辩。这类案件的争议焦点集中如下：第一，交易行为是否构成关联交易，该关联交易是否导致公司损失；第二，经股东会或股东大会决议的关联交易是否就是合法的；三、如果关联交易违法，且给公司造成损失，在关联方把持公司控制权的。
1、参与决策权：《公司法》规定：股份有限公司股东大会由全体股东组成。股东大会是公司的权力机构。股东出席股东大会会议，所持每一股份有一表决权。
2、选择、监督管理者权：《公司法》规定：股东大会选举董事、监事，可以依照公司章程的规定或者股东大会的决议，实行累积投票制。
3、资产收益权：《公司法》规定：公司分配当年税后利润时，应当提取利润的百分之十列入公司法定公积金，并提取利润的百分之五至百分之十列入公司法定公益金。
4、退股权。
5、知情权。
6、优先受让和认购新股权。
7、股东身份权。
公司利益遭受损害，小股东提起股东代表诉讼，被告不是别人，正是公司控股股东。日前，北京市海淀区人民法院审结一起股东损害公司利益纠纷案件，支持了原告小股东的诉讼请求，判令被告公司控股股东向第三人公司返还其受侵占资金189.44万余元，并赔偿利息损失。法官还首次在判决中认定股东代表诉讼的诉讼时效期间自修订后的公司法施行之日起算，而不是通常情况下的从权利人知晓利益受侵害之时起算，从而保护了公司和其他股东的利益。
原告林某和被告某科技公司均为北京一家智能卡公司的股东，分别占有公司15％和35％的股份。2002年底，智能卡公司被工商行政管理机关吊销营业执照。2003年，林某提起清算之诉。2004年10月14日，北京市第一中级人民法院判决，林某与科技公司及其他两位智能卡公司的股东共同对智能卡公司进行清算。
在该案执行过程中，海淀区法院委托会计师事务所对智能卡公司2001年3月26日的资产负债表及成立以来的收支情况进行了清查认定，会计师事务所作出审计报告，认为科技公司占用智能卡公司资金170万元，且智能卡公司因违规事宜已支付的不合格支出19.44万余元应从责任人科技公司处收回。
另，2002年10月，会计师事务所受智能卡公司另一股东委托，对智能卡公司的资产负债表及成立以来的收支情况进行了清查核实，发现在1999年10月8日公司成立之初，即有智能卡公司的入资款转付科技公司170万元，形成其他应收款。林某在得知该情况后，于2002年11月6日曾向科技公司发函，要求妥善解决智能卡工程公司注册资金170万元被抽逃等事宜。
诉讼中科技公司辩称，在2002年11月6日林某即已发现了科技公司收回借款170万元的问题，本案诉讼时效应从2002年11月6日起算，现已过两年的诉讼时效期间，请求法院驳回林某的诉讼请求。
法院经审理认为，本案类型为股东代表诉讼，针对的是侵犯公司利益的行为，而这种侵犯利益行为的主体除董事、监事、高级管理人员外，公司股东应属此列。由于智能卡公司已被工商行政管理机关吊销营业执照，并经人民法院判决由几位股东对其进行清算，故智能卡公司的董事会或监事会已不能代表公司行使诉权。该公司的股东在发现公司利益受到他人损害发生损失的情况下，通过书面请求监事会或董事会提起诉讼寻求救济已无实际意义和可能，又因智能卡公司清算组也未成立，足以说明通过智能卡公司内部救济途径无法实现该公司的权益救济。在此情况下，公司的股东林某以自己的名义直接提起诉讼，为智能卡公司请求利益保护，符合法律规定。
公司法在2005年10月27日修订之前，尚无股东代表诉讼之制度的明确规定，林某尚无法定之诉权，因而不受诉讼时效制度的约束。修订后的公司法明确规定了股东代表诉讼制度，赋予股东起诉权。林某起诉之日，在修订后的公司法实施日之后，并未超过法定诉讼时效期间。科技公司非法占用智能卡公司注册资金170万元及违规支出194 465.90元的行为给智能卡公司造成了财产损失，依法应承担相应的赔偿责任。法院判决被告科技公司向第三人智能卡公司给付1 894 465.9元并赔偿相应的利息损失。
案件宣判后，原被告双方均未提出上诉。
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