在当前外商投资企业法的立法模式下，《中外合资经营企业法》《中外合作经营企业法》《外资企业法》三部法律都包含企业组织与运行的规定和外资企业监督管理的规定，在组织立法方面与《公司法》等商事主体法存在重合。外商投资企业法与《公司法》并行是我国现行公司制度的一大特点。
虽然外商投资企业法和《公司法》对公司等商事主体均有规定，但具体内容存在很多不同，如董事会设立及召开、监事会的设立等。一直以来，涉及外商投资企业的法律纠纷通常会碰到这样一个问题：在内外资立法均有规定的情况下，是应当适用外商投资企业法还是《公司法》等商事主体法？对于外商投资企业法没有规定的问题，是否可以直接适用《公司法》？二者均未规定的法律问题又该如何选择法律适用？
对此，现行《公司法》作出了一个原则性的回答。《公司法》第二百一十七条规定：“外商投资的有限责任公司和股份有限公司适用本法；有关外商投资的法律另有规定的，适用其规定。”有学者将该条解读为：外商投资企业法与《公司法》规定不同时，优先适用外商投资企业法；《公司法》没有规定、外商投资企业法有规定时，优先适用外商投资企业法；《公司法》有规定、外商投资企业法无规定时，补充适用《公司法》；《公司法》外商投资企业法均无规定时，适用《公司法》的基本原则(如资本多数决定原则、股东平等原则)、商事习惯和公司法理。
媒体认为，法律适用困难的症结在于外商投资企业法与《公司法》等商事主体法分工不明，外商投资企业法与《公司法》等主体法的关系必须得到合理的梳理。
针对外商投资企业法关于企业组织和运行的规定和《公司法》等有关法律存在重复甚至冲突的问题，商务部制定了《外国投资法(草案征求意见稿)》，将《外国投资法》定位为“统一的管理和促进外国投资的基础性法律，不再将企业的组织形式作为规范对象”。也就是说，《外国投资法》未来将取代现行的《中外合资经营企业法》《中外合作经营企业法》《外资企业法》，仅对外国投资的管理和促进进行规定，包括外资准入、国家安全审查、外资企业信息报告以及投资促进和保护等方面，不再涉及企业组织方面的规定。在企业组织方面，《公司法》将适用于包括外商投资企业在内的所有公司。
从这一立法趋势可以看出，立法者越来越强调外商投资企业法对外商投资的鼓励、保护和限制功能，以及《公司法》作为商事主体法的纯粹性。在这样明确的分工下，外资企业从进入到设立再到运营都有比较明确而且统一的法律加以适用。
诚然，在《外国投资法》的框架内，外资企业的法律适用问题有望得到较好解决，多数涉及公司设立和运营的法律纠纷均可转向《公司法》，但同时也可能产生一些新问题。在新法正式颁布施行以前，具有法律效力的还是3部外商投资企业法，依法存续的外商投资企业的法律问题应当如何进行法律适用？根据《外国投资法》的规定，外商投资企业有3年的过渡期对企业组织形式和机构进行调整以符合《公司法》的规定，在此期间内外商投资企业仍然面临法律适用的选择问题。此外，有的外资企业面临的法律问题并非完全与内资企业一致，往往既包含外资准入、监督管理问题又包含公司组织运行问题，此时需要一个可参考的明确的标准选择适用外商投资企业法与《公司法》等商事主体法。
