企业发生企业债务重组，相关交易通常情况下应按以下规定处理：1.以非货币资产清偿债务，应当分解为转让相关非货币性资产、按非货币性资产公允价值清偿债务两项业务，确认相关资产的所得或损失。2.发生债权转股权的，应当分解为债务清偿和股权投资两项业务，确认有关债务清偿所得或损失。 3.债务人应当按照支付的债务清偿额低于债务计税基础的差额，确认债务重组所得;债权人应当按照收到的债务清偿额低于债权计税基础的差额，确认债务重组损失。4.债务人的相关所得税纳税事项原则上保持不变。
如果满足特殊重组，则交易各方对其交易中的股权支付部分，可以按以下规定进行特殊性税务处理：企业债务重组确认的应纳税所得额占该企业当年应纳税所得额50%以上，可以在5个纳税年度的期间内，均匀计入各年度的应纳税所得额。企业发生债权转股权业务，对债务清偿和股权投资两项业务暂不确认有关债务清偿所得或损失，股权投资的计税基础以原债权的计税基础确定。企业的其他相关所得税事项保持不变。
特殊重组是指时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定：
(一)具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。
(二)被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。
(三)企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。
(四)重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例。
(五)企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
但是，《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕59号文)只是规定债务重组的企业所得税处理，并没有要求纳税人在发生债务重组损失时是否报批。但是债务重组损失，在本质上仍然属于资产损失的范畴，因而，有关资产损失的税前扣除规定同样适用债务重组损失。目前有关企业资产损失税前扣除的规定主要有两个：一个是《企业资产损失税前扣除政策的通知》(财税〔2009〕57号，以下简称57号文)，另一个是《企业资产损失税前扣除管理暂行办法》(国税发〔2009〕88号，以下简称88号文)。57号文第四条明确规定：“企业除贷款类债权外的应收、预付账款符合下列条件之一的，减除可收回金额后确认的无法收回的应收、预付款项，可以作为坏账损失在计算应纳税所得额时扣除……(四)与债务人达成债务重组协议或法院批准破产重整计划后，无法追偿的……”因而从规定可以看出，在企业所得税上，债务重组损失是作为坏账损失对待的。
因此，甲公司应付账款20000元与实际付款15000元之间的差额确认为应纳税所得额，而乙公司因为债务重组损失也必须在报批后才可以扣除。
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