一般是由行政机关经调查取证，确认建筑物违章后，对违章搭建人作出责令停止违法行为通知书，责令其停止违法建设行为。
搭建人拒不拆除违章建筑的，行政机关在作出行政处罚决定前，依法向其发出行政处罚告知书，告知拟处罚结果和被处罚人陈述、申辩等权利。法律设定告知程序的主要目的是为了实现处罚公开，保护当事人陈述权、申辩权的充分行使。
当事人逾期拒不拆除的，除法律另有规定外，由行政机关依法申请人民法院强制执行。
拆迁过程中，拆迁人多依据《城乡规划法》等规定，直接认定无房产证的房屋是违法建筑，这种做法是错误的。
违法建筑的认定主体、认定程序必须符合法律规定。浙江省高级人民法院认为：未经产权登记的房屋并非均属违法建筑，也并非所有违法建筑都须拆除。
征收范围内的房屋情况复杂，尤其是城中村或旧城区，存在大量因历史原因未依法办理产权登记或依法未办理审批许可手续的建筑，对征收范围内的此类建筑，政府应当组织有关部门依法进行调查、认定和处理。
不论多长时间违章建筑都不能成为合法的，所以违章建筑物是可以随时拆除的。
《违章建筑处理办法处理》第4条违章建筑查报人员遇有违反建筑法规之新建、增建、改建、修建情事时，应立即报告主管建筑机关处理，并执行主管建筑机关指定办理之事项主管建筑机关因查报、检举或其他情事知有违章建筑情事而在施工中者，应立即勒令停工。违章建筑查报及拆除人员，于执行职务时，应佩带由直辖市、县（市）政府核发之识别证；拆除人员并应携带拆除文件。
第5条直辖市、县（市）主管建筑机关，应于接到违章建筑查报人员报告之日起五日内实施勘查，认定必须拆除者，应即拆除之。认定尚未构成拆除要件者，通知违建人于收到通知后三十日内，依建筑法第三十条之规定补行申请执照。违建人之申请执照不合规定或逾期未补办申领执照手续者，直辖市、县（市）主管建筑机关应拆除之。
《中华人民共和国城乡规划法》第三十八条以出让方式取得国有土地使用权的建设项目，在签订国有土地使用权出让合同后，建设单位应当持建设项目的批准、核准、备案文件和国有土地使用权出让合同，向城市、县人民政府城乡规划主管部门领取建设用地规划许可证。
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