第一、产权性质不同
房产证是购房者通过交易，取得房屋的合法所有权，可依法对所购房屋行使占有、使用、收益和处分的权利的证件。即《房屋所有权证》，是国家依法保护房屋所有权的合法凭证。
集体土地使用证是集体土地所有人依法对集体土地享有占有、收益和处分权利的合法凭证。
第二、所有权主体不同
1、房产证是对特定房屋所有权归属的书面证明，并可记载特定房屋共有状况以及是否设定担保物权等状况。基于一物一权主义，房产证以一房屋一房产证为原则，即一个具有独立建筑结构与使用功能的房屋（包括区分所有的房屋）只有一个所有权，在不动产登记上只能有一项所有权登记，并且据此只能发放一个房产证。
房产证只能向特定房屋的所有权人发放，如房屋系共有，在房屋所有权证之外，还可向共有权人发放共有权证。
2、凡是土地家庭联产承包中未打破村民小组（原生产队）界线，不论是以村的名义还是以组的名义与农户签订承包合同，土地应确认给村民小组农民集体所有。
能够证明土地已经属于乡（镇）农民集体所有的，土地所有权应依法确认给乡（镇）农民集体。没有乡（镇）农民集体经济组织的，乡（镇）集体土地所有权由乡（镇）政府代管。
不能证明属于乡（镇）农民集体所有或村民小组农民集体所有的集体土地，应依法确认给村农民集体所有。土地所有权主体以“хх村（组、乡）农民集体”表示。
第三、证件作用不同
１、房产证主要在房屋登记事务范畴中发挥作用，并且主要是为了保证登记活动的秩序与安全。房产证首先起到登记行为完成的证明作用。登记机关在完成房屋登记事务后，将房产证发放给权利人，表明登记机关已经根据事实、法律和当事人的申请，完成了相应的房屋登记。由于房产证记载的内容与登记簿的内容具有一致性，因此，房产证起到一种备忘的作用。
权利人可以根据自己持有的房产证内容，掌握自己的财产情况，而不必每每去查阅登记簿。房产证最重要的作用还是保证登记活动的安全。因为房屋的权属情况依据不动产登记簿的记载，而登记簿由登记机关记载并且由该机关保管，并不在权利人的控制之下，如果登记机关或者其工作人员，擅自更改登记簿的内容，权利人就面临失权的危险。
为了防止此种情况的发生，登记机关在进行了房屋登记之后，有必要再向权利人发放房产证，其上记载与登记簿相同的内容。如果事后发现登记簿的记载有与房产证相异之处，权利人可以房产证的记载对抗登记机关，要求登记机关恢复原记载并承担责任。所以，在以登记作为不动产权利公示方法的制度体系中，房产证的主要功用是在约束登记机关的行为，发放房产证是保证登记安全的重要措施。
2、集体土地使用证也是国家保护的土地使用权证书，持有人有使用和收益等权益。
肯定农村宅基地上修建的房子并不会同时有集体土地使用证和房产证这两种证件，基本上就是办理了宅基地证就能代表着对房产的所有权了。可是在城市购买的房子就不一样了，需要同时有国有土地使用证和房产证这两种证件来保障房子的所有权，确认是宅基地证的话，也就不能再随意的进行转卖了。
1、集体土地所有权证。
县级人民政府对农民集体所有的土地进行登记造册，核发集体土地所有权证，确定所有权。
2、集体土地使用证。
县级人民政府对集体所有的依法用于非农业建设的土地进行登记造册，核发集体土地使用证，确认建设用地使用权。
3、国有土地使用权证。
县级以上人民政府对单位和个人依法使用的国有土地进行登记造册，核发国有土地使用权证，确认国有土地使用权。
4、土地他项权利证明书。
县级以上人民政府对批准的土地他项权利进行登记造册，核发土地他项权利证明书，确认土地他项权利。
1、缺少《土地使用证》，不动产的“物权”不完整。因为《房地产管理法》第五十九条规定：“国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度”，这说明房地产的“物权”包括房屋所有权和土地使用权两方面。业主买的房地产包括房屋所有权和土地使用权，而现在开发商只把房屋所有权给了业主，而土地使用权没有交给业主。
2、缺少《土地使用证》，房地产的转让中涉及土地使用权的部分不发生法律效力。《物权法》第九条规定：“不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力”。没有《国有土地使用证》，业主不拥有法律意义上的“土地使用权”。
3、缺少《国有土地使用证》房地产价值严重缩水。按照《物权法》第一百四十九条规定：“住宅建设用地使用权期间届满的，自动续期”。这一条规定使原本只有70年寿命的住宅，得到“自动”延长。
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