清算条件
(一)符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算：1.房地产开发项目全部竣工、完成销售的;2.整体转让未竣工决算房地产开发项目的;3.直接转让土地使用权的。
(二)符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的;2.取得销售(预售)许可证满三年仍未销售完毕的;3.纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的;4.省税务机关规定的其他情况。土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。
预征税款
土地增值税以预征为主，符合条件进行清算。土地增值税暂行条例实施细则第十六条规定，纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。《国家税务总局关于加强土地增值税征管工作的通知》(国税发〔2010〕53号)明确，除保障性住房外，我国东部地区省份预征率不得低于2%，中部和东北地区省份不得低于1.5%，西部地区省份不得低于1%。为此，符合上述清算条件的，应按规定进行清算。《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函〔2010〕220号)规定，纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。
资料报送
符合上述清算条件第(一)项规定应进行土地增值税清算的项目，纳税人应当在满足条件之日起90日内到主管税务机关报送清算资料。符合清算条件第(二)项规定税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的项目，由主管税务机关下达清算通知，纳税人应当在收到清算通知之日起90日内报送清算资料。应报送的资料主要有：1.土地增值税清算表及其附表;2.房地产开发项目清算说明，主要内容应包括房地产开发项目立项、用地、开发、销售、关联方交易、融资、税款缴纳等基本情况及主管税务机关需要了解的其他情况;3.项目竣工决算报表、取得土地使用权所支付的地价款凭证、国有土地使用权出让合同、银行贷款利息结算通知单、项目工程合同结算单、商品房购销合同统计表、销售明细表、预售许可证等与转让房地产的收入、成本和费用有关的证明资料。主管税务机关需要相应项目记账凭证的，纳税人还应提供记账凭证复印件;4.纳税人委托税务中介机构审核鉴证的清算项目，还应报送中介机构出具的《土地增值税清算税款鉴证报告》。
转让处理
土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算(单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积)。例如，某公司投资开发一个房地产项目，转让收入为1150万元(转让收入中含政府部门收取的各种费用50万元)，支付的土地使用权价款110万元，房地产开发成本320万元，实际发生的房地产开发费用100万元，财务费用中的利息支出无法分项目分摊，且无金融机构的证明。城建税税率为7%，教育费附加征收率为3%，政府规定允许扣除的房地产开发费用为10%。则，允许扣除的房地产开发费用=(110+320)×10%=43(万元) ，扣除的税金=1150×5%×(1+7%+3%)=63.25(万元)，加计扣除=(110+320)×20%=86(万元)。允许扣除项目金额合计=110+320+50+43+63.25+86=672.25(万元)，增值额=1150-672.25=477.75(万元)，增值率=477.75÷672.25×100%=71.07%，应纳土地增值税=477.75×40%-672.25×5%=157.49(万元)。
注意事项
一是严格会计核算。对房地产开发成本应按规定的六个明细科目(土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费和开发间接费用)进行成本归集或调整。进行清算时，以所清算房地产项目历年的财务会计报告为基本依据，在此基础上，来对部分项目及金额按要求进行相应调整。调整时要形成完整、详细的底稿和情况说明，作为清算基础资料，待清算完毕与当年的财务会计报告一同归档保管。二是确认销售收入。土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入;未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。三是把握扣除项目。清算有关扣除项目时，应根据《土地增值税暂行条例》第六条及其实施细则第七条的规定执行。除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证;不能提供合法有效凭证的，不予扣除。四是规范税款计算。在土地增值税清算中，计算收入时仅指房地产销售收入或视同销售的房地产销售收入，而其他如利息收入、租赁收入等不是清算对象。因此，在计算扣除项目时，除不予清算收入的相关成本费用不得计入扣除项目外，对其他实际已发生的成本费用，可以计入扣除项目，只是在会计核算时，要严格按照规定的会计要素和明细科目进行确认。
