一、对取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的，计算其增值额时，不允许加计扣除。
《国家税务总局关于印发<土地增值税宣传提纲>的通知》(国税函发[1995]110号)第六条(一)项规定，对取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的，计算其增值额时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金。
二、对取得土地使用权后投入资金，将生地变为熟地转让的，计算其增值额时，允许加计扣除开发土地所需成本的20%， 加计扣除计算基数不包括取得土地使用权时支付的地价款。
《国家税务总局关于印发土地增值税宣传提纲>的通知》(国税函发[1995]110号)第六条(二)项规定，对取得土地使用权后投入资金，将生地变为熟地转让的，计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用，和开发土地所需成本再加计开发成本的20%以及在转让环节缴纳的税金。
三、代收费用计入房价中向购买方一并收取的，可作为转让房地产所取得的收入计税，实际支付的代收费用，在计算扣除项目金额时，可予以扣除，但不允许作为加计20%扣除的基数。
《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]048号)第六条规定，对于县级及县级以上人民政府要求房地产开发企业在售房时代收的各项费用，如果代收费用是计入房价中向购买方一并收取的，可作为转让房地产所取得的收入计税;如果代收费用未计入房价中，而是在房价之外单独收取的，可以不作为转让房地产的收入。对于代收费用作为转让收入计税的，在计算扣除项目金额时，可予以扣除，但不允许作为加计20%扣除的基数;对于代收费用未作为转让房地产的收入计税的，在计算增值额时不允许扣除代收费用。
《国家税务总局关于印发<土地增值税清算鉴证业务准则>的通知》(国税发[2007]132号)第二十五条(一)项规定，代收费用计入房价向购买方一并收取的，应将代收费用作为转让房地产所取得的收入计税。实际支付的代收费用，在计算扣除项目金额时，可予以扣除，但不允许作为加计扣除的基数。
四、装修费用的加计扣除。
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)规定，房地产开发企业销售已装修的房屋，其装修费用可以计入房地产开发成本。
《关于印发〈商品住宅装修一次到位实施细则〉的通知》(建住房〔2002〕190号)规定，住宅装修工程中不含住宅不能构成不动产附属设施和附着物的家具、电器等动产设施。
装修费用是否包括家具、电器等动产设施，各地有不同的规定。
《重庆市地方税务局关于土地增值税若干问题的通知》(渝地税发[2011]221号)第二条规定，房地产开发企业销售已装修的精装房，其装修费用(含装饰、设备等费用)已在《商品房买卖合同》中注明的，可以计入房地产开发成本，允许扣除并按规定准予加计扣除。
《江苏省地方税务局关于土地增值税有关业务问题的公告》(苏地税规[2012]1号)第五条(三)项规定，凡以建筑物或构筑物为载体，移动后会引起性质、形状改变或者功能受损的装修装饰物支出，可以作为开发成本计算扣除。上述之外的其他装修装饰费用支出，一律不得作为开发成本扣除。
五、购买在建项目进行继续建设再转让的，后续建设支出可按规定加计扣除。
《浙江省地方税务局关于土地增值税若干政策问题的公告》(浙江省地方税务局公告2014年第16号)第四条规定，房地产开发企业购买在建房地产开发项目后，继续投入资金进行后续建设，达到销售条件进行商品房销售的，其购买在建项目所支付的价款及税金允许扣除，但不得作为土地成本和房地产开发成本加计20%扣除以及房地产开发费用按比例计算扣除的基数。后续建设支出的扣除项目处理按照《土地增值税暂行条例》第六条及其实施细则第七条相关规定执行。
六、省以上人民政府批准征收的规费、基金不能加计扣除。
《山东省地方税务局关于房地产开发企业土地增值税预征和清算管理暂行办法》( 鲁地税发[2004]33号)第十九条(四)项规定，经省以上人民政府批准征收的规费、基金，可视同税金予以扣除。
《江苏省地方税务局关于土地增值税有关业务问题的公告》(苏地税规[2012]1号)第五条(五)项1款规定，市政公用基础设施配套费、人防工程异地建设费不得加计扣除，也不作为房地产开发费用扣除的计算基数。
七、土地出让金返还款，不能扣除。
《江苏省地方税务局关于土地增值税有关业务问题的公告》(苏地税规[2012]1号)第五条(四)项规定，纳税人为取得土地使用权所支付的地价款，在计算土地增值税时，应以纳税人实际支付土地出让金(包括后期补缴的土地出让金)，减去因受让该宗土地政府以各种形式支付给纳税人的经济利益后予以确认。
《辽宁省地方税务局关于明确土地增值税清算有关问题的通知》(辽地税函「2012」92号)规定，房地产开发企业从政府部门取得各种形式的返还款，地方税务机关在土地增值税清算时，其返还款不允许扣除，直接冲减土地成本。
