农村土地流转作为家庭承包经营制度的一种行之有效的实现形式，从整体上看发展方向是正确的，基本做法是符合中央精神的，实践也证明了它有效地提高了土地的经济效益，促进了农村生产力的发展，是我国农业向现代化和规模化发展的必然趋势。但是，农村土地流转是一种新事物，在实际运作中还存在着一些问题。
(1)存在土地强制流转损害农民利益的现象。近年来，随着农业产业化经营的兴起和农村劳动力转移的推进，土地使用权流转从幕后走向前台，并且速度明显加快，但存在不少违背农民意愿、损害农民利益的问题。
(2)土地流转机制不健全。目前的土地流转大多处于自发和无序状态。往往相互之间的转包、转让以口头协议的形式进行，口头合同稳定性差，双方利益无法受到法律保护，不便于管理，而且也为以后产生不必要的纠纷留下了隐患。
(3)农民缺乏社会保障制约着土地流转。在农村，土地具有社会保障和就业功能，而当前农村社会保障机制尚未形成，决定了农民不能轻易离开土地，农民把土地作为命根子来看待。认为有了土地，生活就有退路，即使外出打工赚不到钱还可以回来种田，心理踏实。在目前二元社会结构下，农民在城市打工，无论是多长时间，都很难取得城市户口，无法融入城市生活，城市的社会保障始终把他们排除在外。还有相当一部分农民都把土地看得十分重要，农民在从事非农产业经营后，仍然把承包地看成是“活命田”和就业“保险田”，宁可粗放经营，甚至不惜撂荒弃耕，也不愿将土地转让流转出去。
(4)土地流转价格低廉制约着土地流转。当前虽然政策允许土地有偿流转，但是土地流转的价格极低。许多地方不仅出现了土地自然生产、撂田抛荒，甚至出现了农民为了甩掉土地，倒贴一定的费用的现象(也称“倒帖皮”)。当前承包土地根本无价可谈，因为送给别人都不要，又如何能够有偿流转。造成这种现象的原因是：一是农民种地不合算，一个劳动力种地获得收入的远远低于打工的收入。二是土地流动渠道不畅，范围窄。一些地方因缺乏信息中介，更缺乏土地流转市场，土地流转没有完全展开，土地使用权流转仅局限在村内，不能跨区域流动，流转范围小，交易量小，成交的可能小。三是没有完善的中介机构为之服务。四是农民土地使用权流转价格意识淡薄。
