该市仍未依照《土地管理法》和《农村土地承包经营权流转管理办法》建立完善全面推进农村集体土地使用权流转的指导、协调、监察、激励、约束机制，导致了该市仍未形成规范、统一的农村集体土地使用权流转的运作程序，难以管理，问题较多。
(一)农村集体土地使用权隐性交易引发诸多问题
农村集体土地使用权流转这一隐性市场的客观存在，虽然不符合现行土地管理法律法规，但恰恰反映了市场经济条件下农村集体土地使用权流转的内在要求。由于没有把它纳入统一的土地市场，这种自发性的隐性流转带来许多问题，如污染环境、随意占用耕地、浪费土地以及农业面积锐减，影响总量动态平衡的实现和粮食产量的稳定；低价出让、转让和出租农村集体土地，造成集体资产的不断流失；随着土地用途的改变，土地利用总体规划难以实施，土地的用途管理无法到位，造成基础设施和生活配套设施跟不上、布局零散、建设规模小、经营粗放以及效益低等问题；本来应该征收的土地资产的流转税费也无法征收；用地权属不清诱发纠纷和上访，等等，造成一系列社会问题。
(二)一些基层政府征用农村集体土地仍未按市场价补偿
土地征用是政府按法定程序，为公共利益目标，强制性地将集体所有的土地转为国有土地并给予一定补偿的制度。征地是行政权力色彩最浓的领域。这里的问题包括：一是政府为经济、文化等公共事业需要而征地，"公共利益"在当地未能严格界定，征地范围过宽、过泛。实际上，征地是政府充当中介，以行政权力收购土地。征地价格(补偿标准)不统一、不合理，随意性大，一般是偏低。而一旦集体土地被征用后成为国有土地，其出让价格增长十多倍。我认为，这是一种"制度性寻租"，政府充当"二道贩子"，事实上用低价部分"剥夺"了农民的土地，又以高价出让土地。农村集体经济组织和农民的利益未能得到应有补偿。农民从土地使用权的流转中得不到应有实惠，陷入失地即失业、无保障的境地。甚至，政府凭借权力拖欠征地款，集体农民拿到的是"白纸条"，兑不了现，由此引发矛盾的尖锐化--农民信访、上访、重复上访等问题的数量不断攀升，成为"三农"问题之一，成为社会不安全原因之一。
