(一)发包人逾期不答复承包人的竣工结算文件，按竣工结算文件确定工程价款。
司法实践中大量的建设工程施工合同纠纷案件双方当事人争议最大的是工程价款的结算问题，而其中多数集中于结算依据的认定问题上，而建设部制定的建设工程施工合同格式文本中对工程竣工结算的条款约定了相应的期限和程序等条件。
1、竣工结算的流程为：
(1)工程竣工验收报告经发包人认可后28天内，承包人向发包人递交竣工结算报告及完整的结算资料，双方按照协议书约定的合同价款及专用条款约定的合同价款调整内容，进行工程竣工结算。
(2)发包人收到承包人递交的竣工结算报告及结算资料后28天内进行核实，给予确认或者提出修改意见。发包人确认竣工结算报告通知经办银行向承包人支付工程竣工结算价款。承包人收到竣工结算价款后14天内将竣工工程交付发包人。
(3)发包人收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天起按承包人同期向银行按照贷款利率支付拖欠工程价款的利息，并承担违约责任。
(4)发包人收到竣工结算报告及结算资料后28天内不支付工程竣工结算价款，承包人可以催告发包人支付结算价款。
最高人民法院的相关司法解释进一步确认了承包人在发包人收悉竣工结算文件后在约定时间内不予答复的，视为认可竣工结算文件，按双方约定处理，即承包人可直接依据该竣工结算文件主张工程价款。
2、注意事项
由于司法解释在这种特定情况下推定了发包人应承担的义务，故此对承包人提交竣工结算文件的程序要求应严格把握。
(1)承包人必须书面递交竣工结算文件，且不能适用留置方式;
(2)发包人方的接收人员除法人的法定代表人其他组织的主要负责人外，必须限定在其内部具有收发职权的部门或负责人，由其签收或盖章。
(3)此手续将在诉讼中作为承包方举证证明发包人已经有效接受该文件的基本证据。
同时，对发包人来说，若不能在约定的期限内对承包人提交的竣工结算报告全面审核认可，也必须在该期限内就其对报告内容的异议部门书面通知承包人，以回避不必要的风险。
(二)双方就同一建设工程另行签订的施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，根据中标合同确定工程价款。
在大型基础设施、公用事业等依法必须进行招标建设的工程项目中，发包方和承包方在订立合同方面的自由权利受到《招标投标》的明确限定。
双方当事人无论是出于发包方强迫、承包方要挟或串通一致，凡对同一建设工程的工程质量，工程期限以及包括垫资款在内的工程价款等核心问题在中标合同之外另行签订一份实际遵照执行的施工合同的，均应予以纠正，并根据最高人民法院的司法解释按照中标合同的约定核算工程价款。
应注意，凡对施工合同中的工程质量工程期限和工程价款这三项实质性内容作出变更的，只要确实属于双方协商一致，不侵犯国家社会公共利益或他人利益的，均应予以承认;同样，出于设计变更，不可抗力等客观原因，双方经协商一致对工程质量工程期限和工程价款的在先约定作出适当合理变更的，也不应认定为背离中标合同实质性内容。
(三)双方约定按照固定价款结算的，从其约定
即是行业习惯中俗称的“包死价”“一口价”。施工合同中约定按照固定价结算工程款的，一般是指施工图预算包干，即以经审查后的施工图总概算或者综合预算为准，有的是以固定总价格包干或者以平方米包干等方式。
此类方式均可不通过中介机构的鉴定或评估即可确定总价款。若实际施工中未发生合同修改或变更等情况导致工程量发生变化的，则应按照合同约定的包干总价款结算。
