由于建设工程合同本身的复杂性，导致相当多的工程款纠纷案件会遇到各种各样的疑难、复杂的法律问题，许多案件成为久拖不决，久拖难决的积案、悬案。由于我国整个建设工程的立法框架对工程款问题的调控办法相对薄弱，法律、法规层面的立法严重缺乏操作性条款，以致出现两大障碍性难题。
首先，法官判案难以援引有针对性的法条。2001年，最高院下判了24个有关建设工程的二审案件，竟没有一个案件援引《建筑法》下判。
第二，法官的自由裁量权太大。相同的、相类似的案件，各地、各级人民法院判法各不相同，同样是垫资承建工程，有的法院判有效，有的则判无效。
在工程案件审理中的司法严重不统一已构成色彩斑斓的司法奇观，这不仅是律师办案难解的迷惘，也是法的天平失衡和当事人的合法权益难以得到公平保护的建设领域中的司法难题。
拖欠工程款的原因主要是非政府性投资项目拖欠工程款的原因。最高院《关于审理建设工程合同施工纠纷案件适用法律若干问题的解释(讨论稿)》(下称司法解释)很快将正式出台施行，有关工程款纠纷的处理以及其中一系列疑难复杂的法律问题终将有统一的执法标准和尺度。纵观该司法解释的全文，有关工程款的结算标准和解决工程款拖欠的条文占了相当的比例，对矛盾突出的疑难问题给出了明确的司法解释。司法解释对于规范建设工程纠纷案件的准确审理，对于完善和推进建设工程的立法都具有重要的现实意义和推进作用。
建设工程合同纠纷中有关工程款纠纷案件，在目前的司法实践中主要存在以下八大疑难问题：
1、对严重拖欠工程款的背景下，作为最底层的农民工工资如何保护；
2、一个项目先后签订几份合同即黑白合同，应以什么作为计价依据；
3、拖欠工程款应计取利息，利息应如何计取；
4、拖欠工程款可以顺延工期，凭什么可顺延，顺延应具备什么条件；
5、垫资是否违法，如何准确认定，应如何处理；
6、发包人迟迟不确认工程结算应以什么作为处理依据；
7、造价鉴定应如何把握，鉴定结论是否自然可作为判决依据；
8、审计报告和结算协议发生矛盾，应以何为准。
