法院是可以做已经进行抵押的房产进行确权，我们在这个时候需要办理房产初始登记，在我们的生活中如果这个房子可以办理房产证的话，一般都可以办理确权。
但在以下几种情形下，当事人不能提起确权之诉：
1、房屋买卖合同签订后，出卖人拒绝办理房产过户手续，买受人不能提起确权之诉。
根据法律规定，买受人提起房屋确权之诉，要求确认房屋归其所有的，法院应当行使释明权，告知其应当变更诉讼请求要求出卖人办理所有权转移登记，买受人坚持不变更的，对其诉讼请求，不予支持。
2、房产被法院查封后，当事人不能提起确权之诉。
此种情形应中止审理，但如果请求确权的财产被处置的，应对撤销待确权案件。另外，对于不服执行异议裁定，不宜允许当事人另案确权。案外人在执行机构已查封、扣押、冻结后提起确权之诉的，非执行法院应不予受理，已经受理的应中止或撤销。
3、对于诉讼中，尚未取得房屋产权证书的，有碍判决房屋所有权归属，例如离婚案件中，法律明确规定，对尚未取得房产的证书的婚内共有房产不宜判决房屋所有权的归属。
一般可以通过买卖双方向银行提出来进行房屋产权变更以及确权。
买卖双方经过共同协商达成一致的协议，然后前往银行出示这份关于房屋产权变更所达成的书面协议。可是这种方式有一个先决条件，即先要获得银行的允许，要是银行允许产权变更，那么贷款人会从卖方变更为买方，银行会出具证明，在房屋已设抵押权情况下办理产权变更登记。
如此一来，银行出借房产证，接着买卖双方带着银行出具的证明、房产证、权属变更协议、户口本和身份证等一些重要的必要材料，前往房屋所在地的房管部门进行房屋产权变更登记手续，最后顺利过户确权。
《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第二十七条
收藏人民法院查封、扣押被执行人设定最高额抵押权的抵押物的，应当通知抵押权人。抵押权人受抵押担保的债权数额自收到人民法院通知时起不再增加。
人民法院虽然没有通知抵押权人，但有证据证明抵押权人知道查封、扣押事实的，受抵押担保的债权数额从其知道该事实时起不再增加。
以上是找法网小编为您详细介绍的关于法院能否对已抵押房产确权的相关内容，综上所述，法院是可以对已抵押的房产进行确权的，对于法院不能确实的情况，法律也做了明确规定，比如房产被法院查封了的就不能确权，若有什么法律问题，建议咨询找法网专业律师。
