协议内容合法就合法。
《合同法》第五十二条有下列情形之一的，合同无效：
（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；
（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；
（三）以合法形式掩盖非法目的；
（四）损害社会公共利益；
（五）违反法律、行政法规的强制性规定。
当然不是必须的，只不过现在的商品房买卖合同多数都是房管部门的制式合同或者开发商提供的格式合同，补充协议作为合同附件的情况较为常见罢了。
在签订商品房买卖合同补充协议一定要注意的事项：
第一，要明确按揭办不下来的话，双方的责任。现在买房通常需要按揭，确实有的情况下按揭没有办下来，没有办下来的原因比较复杂，有购房者的原因，也可能有房地产开发商的原因，甚至也有一些是银行方面的原因，也有一些是综合的。要明确，如果按揭办不下来，双方各自的责任是什么。
第二，明确房屋权证办理的时间。因为购销合同里通常没有说多长时间把产权证办下来，这通常在补充条款里约定。
第三，应该明确的把售楼书和其他广告的内容写进补充协议里去，这是维护购房者合法权益的一个很重要的方式。
第四，明确关于公摊建筑面积。现在面积争议多的就是公用面积的分摊问题，而且有些开发商经常在公摊上做文章，所以要和开发商约定清楚，不仅要有一个笼统的公摊面积的数字，而且要约定公摊的是哪一部分，要确定公摊的位置。现在有很多赠与这个，赠与那个，实际上有的时候是公用的面积。
第五，应该明确装修标准。以后逐渐的房地产开发项目是精装修，那么就必须对装修的标准明确。比如说装修的标准不要笼统的想使用进口材料、高级材料等这种不明确、含糊的表述，一定要明确使用什么品牌，甚至包括颜色等。
第六，明确退房的责任。购房者接到入住通知之后，经常拿出一些资金装修房屋，比如说买家电什么的，但是一旦退房是由于开发商的原因，必须写明开发商是什么样的责任，写名在确定的日期内把开发商退还，甚至包括银行的利息、罚金等。
第七，关于不可抗力：导致发展商逾期交付房屋的原因很多，不可抗力即是其中之一。由于相关法律规定难以对不可抗力事件一一列明，发展商通常会对不可抗力的范围作扩大性解释，例如将施工过程中出现的重大技术问题或其它发展商不能控制的因素列入不可抗力的范围，以规避由于逾期交付房屋而需承担的违约责任，对此购房者应该在补充协议中尽量明确不可抗力事件的范围，在出现不可抗力时发展商应该提供政府主管部门、公证机构或专业鉴定机构的证明性文件才能作为其免责的理由，同时约定当不可抗力事件导致逾期交房超过一定期限时，购房者有权终止合同，要求发展商退还已经支付的全部款项，或者就逾期实际天数要求发展商给予一定数额的经济补偿。
若买的是二手房一定约定好付款事项，分期付款还是贷款，分期的话什么时间付清多少一定在协议上写清楚，贷款的话一旦贷款办不下来产生的违约责任问题;再有就是腾房时间以及卖主留给买方的室内物品如热水器、空调、燃气灶等等一定在协议上标注清楚，以便后期不兑现。
商品房买卖合同作为不动产买卖合同的主要类型，具有如下法律特征：
1、标的物在法律上呈现出复杂的形态。交易的房屋既可能是已建好的房屋，也可能是尚未竣工的房屋，而且还包括建筑物和小区的公用设施、设备的所有权或使用权。
2、标的物所有权的转移以登记为成立条件。我国《合同法》第一百三十三条规定，标的物的所有权自标的物交付时起转移，但法律另有规定或者当事人另有约定的除外。《物权法》第九条规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。
3、行政干预强烈。由于土地房屋类不动产价值巨大，对国计民生影响很大，国家对房地产行政监管相对较为严格。如国家实行登记制度、推行合同示范文本、实行限购政策等。
根据法律规定，商品房买卖合同内容不明确的，当事人双方协商之后是可以对合同进行补充的，协议内容合法补充协议就合法。以上便是找法网小编为大家带来关于商品房买卖合同补充协议是合法的吗的相关知识。若大家还有其他疑问亦或是其他问题，欢迎咨询找法网。
