二者不同点在于：
首先，向哪个国家机关提出不同。专利异议请求根据专利法实施细则第四十八条的规定，“自发明专利申请公布之日起至公告授予专利权之日前，任何人均可以对不符合专利法规定的专利申请向国务院专利行政部门提出意见，并说明理由。”，向国家知识产权局提出申请。而无效宣告请求是向专利复审委员会提出申请。
其次，专利异议请求可以隐去真正请求人的公司名称，以匿名或顶替名进行请求。这样由于专利申请人不知道异议人是谁，所以将来不容易被追究侵权责任，可以说对请求人来说是一个有利点。相反，无效宣告请求必须注明请求人名称，否则专利复审委不会受理。
第三，二者提出的时间不同。专利异议请求在自发明专利申请公布之日起至公告授予专利权之日前提出请求。而无效宣告请求是在专利被授予专利权之后提出。
第四，二者处理的原则不同。专利异议请求依据职权原则，是否采纳请求人的理由由审查员来判断和决定。通常是通过审查员发出审查意见通知书和申请人的答辩来决定专利的授权与驳回。在专利被驳回的情况下，申请人可向专利复审委员会提出复审请求。而无效宣告请求是依据当事人原则，无效宣告请求书必须送达专利权人，要求提出答辩意见，是无效宣告请求人与专利权人之间的交锋与对抗。
