后期指定，通常指商标获得了国际注册后，该商标注册人又就同一商标申请指定有关缔约方给予商标保护。如，某公司于2002年5月在世界知识产权组织国际局获得了商标国际注册，该注册的申请中指定了缔约方甲对申请的商标予以保护。后来由于注册人产品出口扩大到多个国家，其中包括缔约方已和丙。这样，需要其国际注册商标在缔约方乙和丙得到保护。故在次年的12月，注册人就相同商标提出申请，指定缔约方乙和丙予以保护。此种指定常称为为“后期指定”。在性质上，后期指定申请等同于商标国际注册申请，其目的也是申请人期望其商标能够在后期指定申请中的被指定缔约方获得保护。
后期指定的申请人资格、国内的基础注册和基础申请与后期指定缔约方的关系等，基本上与商标国际注册申请相同;但商品或服务的范围及其类别可以有所不同。此处的不同是指缩小商品或服务的范围，或减少类别。
我国商标国际注册的注册人申请与《马德里协定》有关的后期指定的;应当填写法文申请书和中文申请书，并应当通过商标局向国际局提交法交申请。申请与《马德里议定书》有关的后期指定的，可以通过商标局向国际局提交申请，也可以由申请人直接向国际局提交申请。通过商标局向国际局提交申请的，应当填写并提交英文或法文申请书以及中文申请书，申请人直接向国际局提交申请的，仅填写并提交外文申请即可。无论是通过商标局向国际局提交申请，还是不通过商标局提交申请，申请人可以根据自己的意愿决定是否委托代理人代理。
后期指定的英文申请表格为“MM4(E)”、法文为“MM4F(F)”，
申请人可以从国际局网站上下载。后期指定的中文申请书式由商标局提供。
商标局收到后期指定申请后，对其进行形式审查，但不作实质审查。其审查程序基本同于领土延伸申请的审查(包括费用的审查)。审查完毕后，商标局将申请寄交国际局。
国际局收到后期指定申请之后，对其进行形式审查，并在注册簿上登记，予以公告。此外，国际局向被后期指定的缔约方主管局寄送后期指定申请书。
由于后期指定申请等同于商标国际注册保护申请，这就决定了被后期指定的缔约方主管局将依据该缔约方的法律，对后期指定申请进行实质审查。审查程序基本上与对领土延伸申请的审查无异。经审查，认为符合法律规定的，准予保护。由于国际局公告后期指定的申请，所以，被后期指定缔约方可以不再公告准予保护的商标，即使公告，申请人也无义务缴纳公告费。其他机构无权要求申请人在被后期指定的缔约方里公告其商标。如果经审查，认为后期指定申请不符合法律规定的，被后期指定缔约方主管局驳回申请，并书面通知国际局。驳回的时限根据被后期指定缔约方受《马德里协定》或《马德里议定书》约束情况而定。驳回日期始于后期指定申请书上的通知日期。国际局收到驳回通知书后，将该驳回通知书寄交申请人或其代理人。申请人对驳回不服的，可以在驳回通知书注明的法定期内，向被后期指定缔约方的复审机关申请复审，或向司法机关起诉。申请复审或起诉的，一般需要委托代理人代理。
