普遍管辖权是现代国际社会有效惩治与防范国际犯罪的重要法律措施，我国刑法第9条对此也作了明确规定。即：“对于中华人民共和国缔结或者参加的国际条约所规定的罪行，中华人民共和国在所承担条约义务的范围内行使刑事管辖权的，适用本法。”普遍管辖原则的程序适用问题有以下几点：
1、司法管辖的确定
依普遍管辖原则审理的案件，犯罪地不在我国领域内，被告人也非我国公民，如果依“犯罪地为主、被告人居住地为辅”的一般管辖原则，则无法实际操作。最高人民法院《关于执行<中华人民共和国刑事诉讼法>若干问题的解释》第七条规定，对于按照普遍管辖原则审理的案件由被告人被抓获地的中级人民法院管辖。由于此类案件具有不同普通刑事案件中的特点，具有一定的国际影响，而且一般需要借助国际刑事司法协助才能使审判得以顺利进行。因此，如果此类案件更适宜在其他法院审理，则可根据《刑事诉讼法》第二十六条规定，由被告人抓获地中级人民法院的上级人民法院指定其他中级人民法院管辖。
2、适用普遍管辖原则应遵循的原则
司法机关适用普遍管辖原则案审理案件时，除必须遵循我国刑事诉讼法确定的基本原则外，还应遵循以下几项特有原则：第一，国家主权原则，即对于一般外国人的犯罪，应当追究刑事责任的，依照我国刑事诉讼法的规定办理，对于享有外交特权和豁免权的外国人犯罪，要通过外交途径解决。第二，指定或委托中国律师参加诉讼的原则○6。第三，诉讼权利平等原则，即外国公民在我国参加刑事诉讼，我国司法机关应当给予他和本国公民同等待遇。第四，信守国际条约的原则。即凡我国缔结或者参加的国际条约，除声明保留的条款外，都必须坚决信守。第五，使用我国通用的语言文字诉讼的原则。
3、国际刑法规范的特别程序要求
我国缔结或者参加的国际刑法规范对缔约国行使刑事管辖权在诉讼程序上的特别要求主要体现为：其一，要求行使管辖权的缔约国通报对国际犯罪行为的查处情况，包括犯罪的情况、对犯罪人采取的措施、引渡程度或其他法律程序的结果等。其二，要求将诉讼结果通知有关国家或者国际组织。对于这些国际刑法规范在诉讼程序上的特别要求，我国刑事诉讼法没有明确规定。我国最高人民法院《关于执行<中华人民共和国刑事诉讼法>若干问题的解释》第三百一十七条规定：“中华人民共和国缔结或者参加的国际条约中有关刑事诉讼程序具体规定的，适用该国际条约的规定，但是，我国声明保留的条款除外”。因此，依照普遍管辖原则审理国际犯罪案件时，对于相关国际条约中我国未声明保留的关于刑事诉讼程序特别要求的条款，司法机关应当遵照执行。
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