司法实践中对此类行为的定性并不一致。一般情况下，司法机关不会特意审查行为人所侵占的单位财产是否合法，但是，当被侵占的公司财产的非法性较为明显的时候就会出现定性问题。
类似争议也同样出现在挪用非法收入能否构成挪用公款罪上。非法收入在我国是指单位或个人利用不正当的手段违反国家的法律和政策规定而取得的财物。依据法律规定，非法所得都应上缴，因非法所得实际并非公款，故挪用非法所得并不构成挪用公款罪。
当职务侵占罪涉及非法收入时，这个界限却没有那么明确了。司法实践有时将单位财产的概念延伸到单位保管的财产(司法机关对此类情况也处理不一)，这一点已经超出了刑法语言的范围，如果说此举属于合理的扩大解释，那么将单位非法所得也纳入单位财产之内则明显有扩大打击面的嫌疑。
事实上，单位非法所得的财物的所有权仍属于国家、集体或者他人，民法上公司对非法取得的财物也没有返还请求权，因此单位员工侵占公司的非法所得实际上并未侵犯公司的财产权，因而欠缺构成职务侵占罪的法理基础。
