贪污罪和挪用公款罪都是国家工作人员利用职务上的便利。实施的犯罪，在构成特征上有许多共同之处，如犯罪主体都是国家工作人员，犯罪对象都可以是公款，客观上都必须是利用职务上的便利，尤其是对于行为人以挪用公款的手段进行贪污和挪用公款后因无法归还而畏罪潜逃的情形，两罪很容易混淆。但是，贪污罪是以非法占有公共财物为目的，而挪用公款罪则是以非法使用公款为目的。两罪有本质区别，区别的关键在于行为人主观上是否以非法占有为目的，客观上是否实施了侵吞公款的行为。
因此，正确界定行为人的主观故意对区分其行为是贪污还是挪用的性质至关重要。非法占有的目的是主观要件，然而，在审判实践中有些案件往往是很难认定行为人主观上是否具有非法占有目的，因此在审理案件中应当根据主客观相一致的原则，不仅要考虑被告人的供述，而且要从行为人的客观行为分析认定。就行为特征而言，贪污和挪用公款犯罪在将公款转移到行为人控制之下这一过程是相似的，但由于主观目的的不同，其客观行为也会有不尽相同之处。贪污行为由于行为人的主观意图在于永久占有公款，其必然尽其所能掩盖、隐匿公款的真实去向，尽量在有关帐目上不留痕迹;挪用公款行为由于行为人的初衷只是临时性地使用公款，所以一般总要给使用的款项留个“后门”，使其在有条件的情况下可以顺利归还。
司法实践中，应当根据以下客观事实判定是否构成贪污：其一，行为人是否采取弄虚作假的手段，使自己占有公款的事实在帐目上难以发现。如使用虚假发票、对帐单等会计凭证的，使其占用的公款已难以在单位财务帐目上反映出来的，一般应当认定为贪污行为。对于行为人采取了弄虚作假的手段平帐，但由于受到某种条件的制约，不能完全平帐的，也不能仅以帐未做平作为不定贪污罪的理由。如本案中彭国军用虚假对帐单、现金交款单给会计做帐，单位帐目是平的，但单位帐目与银行存款有缺口，即所谓“大帐”不平。行为人虽然没有将帐目完全做平，但其有采取弄虚作假手段的做帐行为，达到了从单位帐目上难以发现其占用公款的目的，是以骗取手段贪污的行为。其二，行为人销毁有关帐目的。该行为不仅仅是逃避侦查的行为，也是掩饰公款去向，试图隐匿公款的行为，反映出行为人主观上有非法占有的目的，是侵吞公款的贪污行为。其三，行为人截取收入不入帐的。行为人利用职务上的便利，将本单位的收入直接截留，使帐目上不能反映该款项，是直接侵吞公款的贪污行为。
行为人案发前有归还公款的行为，一般被认为是其主观上有归还公款的意愿，没有非法占有的目的。但是，不能一概而论，不能凡有归还行为就一概以挪用公款论。归还行为是与挪用行为相对应的，正是因为行为人出于挪用的目的，而不是非法占有的目的，才会发生归还行为，因此，这种归还行为一般具有主动性、自觉性的特征。在有些案件中，行为人虽然“归还”了部分公款，但不是主动、自觉地归还，而是出于其他目的。比如为了防止暴露犯罪事实而归还部分，其实是一种掩盖行为，不能据此认定其没有非法占有的目的。但是已“归还”的部分不应再计算为侵吞公款的数额。
