刑法的实施及相关解释的出台，为有效打击黑社会性质组织犯罪提供了立法保障。但由于多种因素的影响，我国黑社会性质组织犯罪在立法上还存在一些问题和缺陷，还需要不断地完善。
(一)罪状表述缺乏准确性
我国刑法第294条第1款对黑社会性质组织犯罪的特征归纳为：组织、领导、积极参加以暴力、威胁或者其他手段，有组织地进行违法犯罪活动，称霸一方，为非作恶，欺压、残害群众，严重破坏经济、社会生活秩序的黑社会性质的组织的行为。我国刑法典对黑社会性质组织犯罪的界定，遭到诸多理论和司法界的口诛笔伐。普遍认为，此罪状描述存在着模糊性的文学用语代替严格的立法表述的缺陷，立法中所描绘的“称霸一方，为非作恶，欺压、残害群众，严重破坏经济、社会生活秩序”并未表达出黑社会犯罪的基本特征，所反映的仅是该种犯罪活动的外观表现和犯罪事实状态，此种不明的界定属情绪性立法，很难发挥其对司法实践的指导作用;此类界定“使用了一些空泛的语言，既不规范，也难以确定其具体范围，给司法实践造成了许多的困难，这与其他分则条文对罪状的严谨描述有着明显的差异。”
其一在于描述性的表达方式上，描述性所表达的内涵和外延的弹性过大，法律的描述性或许是立法者的有意无意的设计，是为了以“法律的弹性应付认识对象的复杂性、变动不居性和连续性，以一驭万，造成法网恢恢、疏而不漏的法律效果”。而用“描述”、“叙述”、“表述”来定义罪状是不妥的，因为这样做不符合下定义的逻辑规则，罪状是与法定刑相适应的概念，而法定刑是指刑法分则有关条文对具体犯罪所规定的刑种和刑度，那么，与之相适应的罪状应是刑法分则有关条文所规定的具体犯罪构成有关的内容，它的落脚点应是具体犯罪构成上，而不是“描述”、“叙述”或“表述”上。该罪状的表述的上述缺陷外所产生的另一个衍生性的后果是，将立法的开示定义之权能转移为司法的自由裁量之职责，无疑将增加司法实践的难度，而我国的司法机关由于职能的不同，其理解和取义亦有不同，在司法认定方面往往造成不能统一，无疑进一步增加了司法实践尤其是法院认定的难度。
(二)罪名设定缺乏完备性
首先表现在罪名的设定上，既然规定了“黑社会性质组织犯罪”，说明在立法者的理论视野中是包含黑社会组织犯罪的，否则就不会有“性质”一说，对含有某种 “性质”社会现象予以界定，而不对这种社会现象本身做出界定，这在逻辑上是不好解释的。并且，任何社会现象自身发展的规律也不可能仅仅停留在“性质”阶段上，法律规范应当排除这种似是而非或模棱两可的概念。同时，这一立法在本质上属于滞后立法，缺少超前性。在中国，滞后立法是一种常见的、普通的现象，是立法发展过程中亟待医治的病症。这病症不消除，立法就总是缺乏积极主动的精神品质，就总是现实的尾随者，国家、社会和公民就总是要付出昂贵的学费或沉重的代价。我国目前涉黑组织，虽然正处于发展阶段，不具有国外黑社会组织的典型特征，但随着自身的进化，向黑社会组织转化是必然的。如果立法所规范的行为只停留在发展阶段，明显是立法上的滞后，也必然造成法律适用上的“真空”;更有甚者，此类“性质”的入法，不符合刑法罪刑相适应原则。现行立法只考虑到了对带黑社会性质的犯罪组织的惩处，没有看到我国目前一些带黑社会性质的犯罪组织已经蜕变成为黑社会组织这一客观事实，虽然现阶段为数不多，但是已客观存在。如果对这类黑社会组织犯罪，以黑社会性质组织犯罪予以惩处，难以避免重罪轻罚，造成打击失之过宽，这无疑是对“举轻明重”之刑法基本原理的违背。而且容易造成执法混乱，由于“性质”二字的增加，在司法实践中带来了许多认定上的争议，什么叫“性质”，怎样才是“性质”，执法中仁者见仁，智者见智，影响了执法效率，不利于统一执法。
其次表现在罪种上。黑社会性质组织向黑社会组织过渡具有其客观必然性，立法者虽然“结合我国同犯罪作斗争的具体经验及实际情况”，但却牺牲了科学性和长远性追求。虽然我国97刑法中明确规定了反黑“三罪”，较之79刑法有了巨大的进步，但是仔细研究则可以发现一些社会危害性程度足以达到犯罪的行为却未被纳入刑法的调整范围之中，致使司法机关面对这些涉黑“犯罪”处于打则无法可依、不打则放纵犯罪的蔓延的两难境地。黑社会性质组织犯罪是一类极为复杂的犯罪，法律上惟有规定较多类型的具体罪种才能对黑社会性质组织的各种具体情形均加以描述，由此形成一个惩治黑社会犯罪的严密罪刑体系。涉黑犯罪的其他一些表现形式，如我国人员参加境外黑社会组织，非黑社会组织成员的境外人员入境从事黑社会犯罪活动，包庇、纵容境外黑社会组织入境发展成员和违法犯罪活动，介绍、教唆、胁迫他人参加黑社会犯罪组织等犯罪活动，我国刑法目前尚无法规范。黑社会性质组织犯罪立法在内容上的不完备性，对于打击和遏制涉黑犯罪显然是不利的。另外，我国没有规定单位主体的涉黑社会犯罪，不能不说是一个缺憾。如某些单位明知是黑社会性质组织却出于种种目的主动向其提供帮助;有的单位主动与黑社会性犯罪组织勾结起来对某些行业或市场进行控制形成垄断，共同牟取丰厚的不法利益等等。我国应该增设若干黑社会性质犯罪的具体罪种，以适应建立严密完备的惩治黑社会犯罪的罪刑体系的需要。
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黑社会性质组织的法律性质
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(三)刑罚设置缺少针对性
我国现行刑法在对黑社会性质组织犯罪刑罚设置方面，针对性不强，没有体现黑社会性质组织犯罪的严重的社会危害性的特点，也不符合罪罚相适应的刑法基本原则，为黑社会性质组织犯罪的惩治留下了诸多的遗憾。
一是未设置财产刑。“刑罚的目的既不是要摧残折磨一个感知者，也不是要消除业已犯下的罪行。……黑社会性质组织犯罪的构成要件罚的目的仅仅在于：阻止罪犯再重新侵害公民，并规诫其他人不要重蹈覆辙”。黑社会(性质)组织犯罪，其最终目的就是在于牟取丰厚的不法财产性利益，所以即使对其成员科处长期自由刑，只要有与其相应的收益归属自己或其组织，那么抑制其犯罪动机是很困难的。因此，仅对该组织的成员处以自由刑是难以取得一般预防与特别预防的效果的。正如法学家帕克认为，适用刑罚的根据不仅矫正，而是剥夺犯罪能力。他形象地比喻为“剥夺犯罪能力便是矫正这枚硬币的另一面”。检视我国反黑的刑事立法，可以发现我国刑法对黑社会性质组织犯罪却没有配置财产刑，这确实令人遗憾。司法实践中，我们只能追缴或没收黑社会性质组织及其成员的违法、犯罪所得财产，对于没有证据证明是违法或犯罪所得的可疑财产就无法予以没收。这不能不说是刑事立法上的一个严重疏漏。
二是刑罚设置偏轻。西方国家在惩治黑社会犯罪的刑事立法中表现出了对黑社会组织罪的刑罚有逐渐加重的趋势，因轻刑化潮流而在西方国家很少使用乃至基本不用的长期自由刑、死刑也在打击黑社会犯罪时普遍适用。然而，在我国作为普通刑事犯罪中最严重的犯罪──黑社会性质组织犯罪其法定刑却明显偏低。就好比法学家哈格认为的那样：立法之所以就犯罪规定刑罚，为了追求刑罚的威吓效果，并即通过宣布犯罪应受惩罚而威吓人们，使之不敢犯罪。“借助禁止与惩罚的威吓，无论如何严厉，都不能抑制所有犯罪。但是，可以抑制其中一大部份。问题在于如何最好地控制与最大限度地减少犯罪——以什么预防与以什么惩罚”。例如，组织、领导、参加黑社会性质组织罪的最高法定刑为10年有期徒刑，并且与其他常见的涉黑犯罪并罚其宣告刑也不会超过20年有期徒刑，而抢劫、贩毒罪的最高法定刑为死刑，且司法实践中因犯抢劫、贩毒罪而被处死刑的情况相当普遍。实践中前者的社会危害性往往比后者的较大，处刑结果却常常是前者比后者轻。此外，包庇、纵容黑社会性质组织罪的最高法定刑为10年有期徒刑，而犯罪目的与之相似社会危害性比它小的受贿罪的最高法定刑却为死刑。此外，在处罚的规范上没有体现罪刑相适应的基本原则，没有明确规定黑社会组织犯罪的从重、从轻情节而设定不同的量刑档次，也不利于实现刑罚的基本功能。
三是缺失刑罚的具体运用。我国刑法中关于对黑社会性质组织犯罪的处理中并没有关于假释、累犯的特别规定，这也是涉黑犯罪打击弱化、针对性欠强的显著标志。这点刑事反黑社会立法可以给我们诸多的启示。澳门《有组织犯罪法》对黑社会组织适用刑罚和执行刑罚上作出了诸多特别规定，如不得判处缓刑、不得适用假释、任何时候犯黑社会罪均视为累犯等。
(四)惩治机制缺乏配套性
黑社会性质组织之所以能够有如此的威力，得益于它强大的经济实力和一定的非法控制。就我国的立法而言，由于惩治黑社会性质组织犯罪的立法之间缺乏配套性，如市场经济管理法规不健全、反腐法律体系不完善等，为黑社会性质组织的泛滥和横行造就了可乘之机。一是市场经济法规不够完善。黑社会性质组织的许多不正当的竞争和垄断行为都没有列入法律规范和约束的范围之内，这为其累积经济资本和壮大经济实力提供了条件。二是反洗钱法律体系不健全。虽然我国现行刑法已将洗钱行为明确为刑事犯罪，并规定了相应的刑事处罚，国务院及中国人民银行也发布了一些行政法规和规章，对预防和限制洗钱活动起到了一定的作用。但这些法律法规之间缺乏系统性，以致在打击和预防洗钱活动中总体仍处于比较薄弱的局面。三是反黑刑事诉讼规则缺失。由于黑社会性质组织犯罪固有的本性和特点，就刑事诉讼法规方面，如果没有类同于一般规则以外的专门的规则，是很难对付黑社会性质组织犯罪的。我国目前刑事诉讼在这一方面就存在专门的诉讼规则的缺失。“现行刑事诉讼法对黑社会性质组织的追究没有专门的诉讼规则，由于黑社会性质犯罪具有反侦查能力强、社会危害性严重等特性，因而反黑刑事诉讼规则的阙如，无疑不利于反黑工作的顺利、深入进行”。
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