民事调解协议书是可以用于证明案件事实的材料的，就可以作为刑事证据。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十条
可以用于证明案件事实的材料，都是证据。证据包括：（一）物证；（二）书证；（三）证人证言；（四）被害人陈述； （五）犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解；（六）鉴定意见；（七）勘验、检查、辨认、侦查实验等笔录；（八）视听资料、电子数据。证据必须经过查证属实，才能作为定案的根据。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十一条
公诉案件中被告人有罪的举证责任由人民检察院承担，自诉案件中被告人有罪的举证责任由自诉人承担。
