填写好专项扣除信息后，会让你从通过扣缴义务人申报、综合所得年度自行申报两种方式中任选一种，其实这两种申报方式主要区别还是在于申报对象不同，具体如下：
1、通过扣缴义务人申报：
这种指的是向单位申报个人信息，每个月税务机关会把专项附加扣除相关信息全量推送至单位，单位可以从代扣缴软件获取员工已经报送的专项附加扣除信息，并从中计算出员工应预扣预缴的税款，再向税务机关办理全员全额纳税申报。
最后从工资中减去应缴的税款，剩下的就是你的到手工资了。
2、综合所得年度自行申报：
这种指的是直接向税务机关申报，即每个月单位发放工资时正常扣税，然后由纳税人自己在第二年去税务机关办理汇算清缴，并将有关信息提供给税务机关，让税务部门其办理退税。
总而言之，个人所得税扣除申报方式选哪个主要还是看个人意愿，建议如果是单位职工的话最好选择第一种申报方式，就不用再请假去税务部门办理退税了。而若是自由职业者或者个体户的话，可以选择第二种申报方式。
《中华人民共和国个人所得税法》第十条
有下列情形之一的，纳税人应当依法办理纳税申报：
（一）取得综合所得需要办理汇算清缴；
（二）取得应税所得没有扣缴义务人；
（三）取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款；
（四）取得境外所得；
（五）因移居境外注销中国户籍；
（六）非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得；
（七）国务院规定的其他情形。
扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报，并向纳税人提供其个人所得和已扣缴税款等信息。
