农民工工资保证金比例根据工程合同价款的不同有所不同，比例主要有2%、3%、4%、5%。
根据《农民工工资保证金管理暂行办法》第十条建筑施工单位按下列标准预存农民工工资保证金：
(一)工程合同价款在100(不含100万)万元以下的，按工程合同价款的5%预存；工程合同价款在100万以上至200万元的(含100万元)，按工程合同价款的4%预存；工程合同价款在200万元至500(含200万)万元的，按工程合同价款的3%预存；工程合同价款在500万元以上的(含500万)，按工程合同价款的2%预存；
(二)上年未完工的在建工程，建筑施工企业按剩余施施工量和相应比例补存工资保证金；
(三)包工不包料的工程按工程合同价款的8%预存。
