在财权与事权不一致的背景下，地方政府财政“捉襟见肘”，必须通过中央财政转移支付、卖地收入等才能维持运转。这就出现了“跑部钱进”、“土地财政”、“乱收费罚款”和“大肆举债”等顽疾，由此产生诸多腐败、浪费等问题，而巨大的地方债漏洞更是将部分地方政府推向破产边缘。
顽疾一：跑部钱进
每年，中央财政都会通过转移支付支援地方建设。为了获得更多的转移支付资金， 地方政府利用地方驻京办的关系网，在各部委部门跑动"勾通"，达到要项目要资金的目的。不仅"上面"早已"心照不宣"，而且在"下面"更以此为衡量一个干部能力、政绩的重要标准。
弊端：地方官员为了获得专项资金需要四处求人，打通关节，然后"投桃报李"……某些上级政府部门对专项资金的立项审批及分配发放如同橡皮筋，转移多少，就看关系，关系好就多给点，不顾实际，结果造成很多浪费。还有些"部"将钱拨到下面，再返还给上面"部"里，不一定是落入个人口袋，但放进本单位小金库，用于本单位发放福利或给主要领导用于接待就有可能。
顽疾二：土地财政
地方政府依靠出让土地使用权的收入来维持地方财政支出，属于预算外收入，主要是依靠增量土地创造财政收入，也就是说通过卖地的土地出让金来满足财政需求。每年土地交易环节的相关税费及土地出让金对地方财政的贡献在40%以上，导致地方依赖卖地赚钱。
弊端：部分农民因征地而致贫，不仅补偿款很少，而且失业问题严重。这会进一步加大贫富差距和群众矛盾。地方政府大规模卖地还会推动房价高企，进一步加大广大中低收入市民的住房困难。而土地出让收入由本级政府"自收自支"，长期缺乏收支规范与监督机制，滋生腐败等问题。此外，土地财政的大肆兴起也让保护耕地、保护农民的合法土地权益流于空谈。
顽疾三：乱收费罚款
为了弥补财政收入的不足，不少地方政府利用其具备的收费和罚款的权利，在收支两条线体制下，增加收费和罚款。这些收费和罚款带有很大的随意性。
弊端：部分地方政府和部门巧立名目，多收费、乱收费。这部分对中小微企业来说，是额外的负担。这笔负担使得这些本身实力就不雄厚的企业发展更加艰难，由此带来失业率上升等问题。
而收费罚款养人、养人收费罚款导致机构和人员恶性膨胀，形成一个恶性循环。以早期的城管执法为例，城管执法的一半工作人员的薪水，就要靠罚款来维持。因为他们不是正规在编的公务员，根本不能由财政开支，而地方更是有规定，罚款的款项在上缴50%后，其余用作这部分人的工资和奖金。
顽疾四：大肆举债
地方政府为了维持运转和搞建设向银行借贷、向民间集资、拖欠工资、为企业担保借贷等等借债行为。以内蒙古为例，2000年内蒙古自治区地方债务只有170多亿元，2012年底增长到近3500亿元。2013年，36个地区的地方债审计结果公布，9大省负债超100%。加上政府负有担保责任的债务，2012年有16个地区债务率超过100%。
弊端：地方政府融资平台的数量和融资规模急剧膨胀，如果清算显性和隐性债务，相当一部分县市政府实际上已经破产。而举债过程中也会产生腐败问题。因为地方政府热衷于发行地方债券，源于利益寻租空间。地方政府通过持续举债，不仅可以实现"保增长"的短期政绩，更可以由此为关联人的利益输送提供便利。
