新型农村合作医疗是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。新农合作为一项适合于农村居民的医疗保险制度，脱胎于传统农村合作医疗制度，借鉴商业医疗保险的经验，充分参考城镇职工基本医疗保险制度，从制度上为农民提供一定的医疗保障，有利于减轻农民医疗费用负担，缓解农村“因病致贫”和“看病难”问题，是农村的一项基础性工作。但是，在新农合运作过程中也存在着不少问题，其中道德风险是最为严重的问题之一。
在新型农村医疗运行中，定点医疗机构和医师的道德风险最严重，其后果最违背新农合的宗旨。由于医疗市场是一个信息不对称的供给方垄断市场，在选择医疗方案时，追求利益最大化的医疗机构和医生有选择价格较高、成本较低的方案利益驱动，而并不总是选择以患者的病情为依据选择疗效好、成本低的方案。新农合按项目付费的支付制度更是给一些医疗机构和医生过量服务提供了方便之门。患者由于缺乏专业知识，无能力防范这样的行为;保险方受管理成本的限制，做不到有效的监督。更为严重的是，定点医疗机构可能和患者合谋骗保。
定点医疗机构作为医疗服务供给方，在新农合医疗运行中存在的道德风险表现如下：(1)多品种用药(如一张处方上多种药品不合理搭配)，超药品报销目录用药，违规使用有特殊限定的药品。(2)为患者提供数量过多、价格过高的药品，为患者提供不必要的检查，擅自夸大医疗范围、延长医疗时间、增加医疗项目，甚至为患者提供有害的医疗技术服务。(3)自行提价或不按规定及时调价，未经许可擅自收费并纳入新农合医保结算，分解收费，收费数量与病史资料的记录不符，巧立名目收费等。(4)医院与患者或医院与监督机构合谋，骗取新农合补助资金。
当然，作为需求方的患者也存在道德风险和逆向选择。自愿参加、以大病统筹为主的制度加大了道德风险和逆向选择。其一，虽然人均缴费标准不算高，不会给农民带来太大的经济负担，但是健康的青壮年人群患大病的风险较小，参加积极性较低;风险较大人群则倾向于参加。这样，逆向选择极容易导致新农合医疗基金入不敷出。其二，大病统筹的模式容易诱发农民将小病大治的道德风险。其三，没有参加新农合医疗的人借用他人的合作医疗证冒名看病、住院等。
新农合医疗体系中存在的以上两个方面的道德风险，有着非常严重的后果：其一，导致新农合医疗基金的过度支出。其二，导致医疗资源配置的不合理，造成医疗资源的浪费。以上两个方面的不良后果导致新农合运作违背了最初的宗旨，无法实现最优效益，必须采取措施防范道德风险的产生。
首先，加强监管是防范道德风险的必要措施，比如对医疗行为进行监控，确保因病施治、合理检查、合理用药，拒绝政策以外的费用开支。通常的做法是设立专门的监督审核机构，对医疗服务的范围、内容、质量、价格等进行审核评价，建立定点医疗机构奖惩管理办法和退出机制，促使医疗行为规范化;建立医疗服务信息公告制度，通过抑制暗箱操作以正确引导患者和控制医保费用。
其次，提高制度的吸引力和增强制度强制性。应加大政府的资金投入和医疗费用的报销比例，从而让农民得到更多实惠。此外，新农合应将保大病的政策目标与农民的基本医疗和预防保健工作结合起来，以提高对农民参加新农合的积极性，从而降低逆向选择的风险。在无法增加其吸引力的情况下，实施强制性治理机制就是化解逆向选择的相对较好办法，有条件的地区可以通过地方立法将自愿投保改为强制参加。
再次，加大新农合相关信息的宣传力度，从而减少信息不对称现象的发生。应主要集中宣称两方面的信息：新农合制度的宣传，医疗信息对患者的公开。由于农民受经济条件限制和传统观念的影响，自我保健意识和健康风险意识不强，再加上新农合几经曲折，农村居民对新农合的认可程度不尽相同，需要各级政府加强宣传和积极引导。公开医疗信息也显得尤为重要。深入宣传与定点医疗机构有关的合作医疗规章制度，确保基本药物和诊疗项目目录、转诊等制度规范执行，收费凭据、费用清单等材料规范提供，促使医疗机构的支持与协调;促进医疗机构建立完善的信息披露制度，以接受社会各界的监督。
