与其他行业相比，水利行业预算级次多、工程多、项目分散，资金管理的风险很大。然而，近几年，水利部在财政资金的使用上基本没有出现大的问题。其中的重要原因之一，就是水利部不断深化国库集中支付工作，在管理制度上起到了预防和堵塞漏洞作用，在监督机制上起到了控制和纠错作用，有效地预防和控制了水利资金违纪违规问题的发生，促进了党风廉政建设和反腐败工作。水利部国库集中支付的有益探索，得到了财政部的高度评价，被誉为“国库改革的一面旗帜”。
2001年，水利部先行进行改革试点。部党组对此高度重视，汪恕诚部长之前专门作出批示：“要接受这场挑战。”5年间，国库集中支付这项制度在行业内扎实、稳妥地向前推进，到目前为止，已实施国库集中支付的单位总数达300个，直接支付项目97个。有条件的五级预算单位近一半已纳入了国库改革范围，是目前实施国库改革的中央各部门中改革级次最多的部门。在资金量上，2001—2006年，共完成国库支付总数503亿元，是实施国库改革的中央各部门中财政直接支付资金量最大的部门之一。
不断强化国库集中支付制度控制力，在容易发生问题环节筑就牢固防线
国库集中支付是财政支出的“一场革命”，其制度设计的要点之一，就是通过对容易形成水利资金违规使用的几个关键点的控制作用，从而对资金使用的全过程实施控制和监督，达到从源头上预防和治理腐败的作用。在这项制度实施过程中，各单位紧紧抓住财政资金传统支付方式容易出现问题的几个环节，强化国库集中支付的控制能力，使之成为一道道牢固的防线。
抓住规范程序环节，把好制度防腐关。依靠好的制度惩治和预防腐败，是做好反腐倡廉工作的根本途径。为了规范资金管理，推进国库集中支付的顺利实施，水利部适时研究制定《水利部财政国库管理制度改革试点工作实施方案》《水利部财政国库管理制度改革试点资金支付管理办法实施细则》等相关法规制度，解决制度的可行性和刚性问题。部直属各单位也结合实际情况制定了相应的内部管理办法。淮委制定了《治淮国库直接支付资金审核办法》，从审核资料及内容、审核程序及管理、职责分工、信息管理等几方面进行了明确和规范，加强了资金申请过程的控制。长江重要堤防隐蔽工程管理局制定了《工程价款结算办法》，通过修改招标文件，明确了工程价款结算支付方式、预付工程款支付及抵扣、保留金管理等方面的有关内容，并制定了《长江重要堤防隐蔽工程(国库集中支付)价款结算办法》等规定，规范了财政国库管理制度改革后建设资金的管理，明确了价款结算审批程序和相应的时间要求，既保证了工程建设不因改革而受影响，又保证了改革的实施。[page]
抓住账户管理环节，把好账户开立审核关。配合国库改革，各单位在审批预算单位的其他银行账户中把好账户统管关、账户开立审核关。通过清理整顿银行账户，实行国库单一账户，使单位的全部收支纳入财务统一管理，彻底清理了以前预算单位存在的多个账户、多头开立账户的问题，从源头上、制度上基本消除了“小金库”现象。由于财政统一开设国库单一账户，各单位不再设有银行账户，财政收支管理更加规范，支出得到了全过程监控，资金使用效益明显提高。
抓住资金支出环节，把好资金支付关。实行财政国库制度改革前，财政资金按照程序逐级拨付。资金到达各级预算单位后，由于种种原因不可能及时下拨和使用，几个月甚至更长的时间还在某一级预算单位账上滞留，既严重影响资金的使用效益，同时也加大了挤占、挪用等腐败现象发生的概率。实行国库集中支付后，财政资金在国库单一账户体系下运行，各预算单位的经费只通知用款额度，当实际支出时才将资金从国库中拨出，这就从根本上改变了原来以拨列支、没有计划就支出的管理局面;直接支付形式下，各预算单位见不着钱，资金由国库直接支付到供应商手中，也减少了利用资金违规的概率。
抓住用款计划执行环节，把好预算管理关。预算单位申请用款的基础是财政部批复的部门预算。没有预算，编不了用款计划。没有用款计划，办理不了直接支付和授权支付手续。为了适应这一转变，部财经司主持开发了国库集中支付信息管理系统，规范了业务流程，从而实现了各级预算单位用款计划、直接支付申请的网上审核控制、批复以及信息查询等自动化处理。其他单位也针对实际情况制定了相应的办法。改革实施以来，各预算单位严格按照预算安排和用款计划申请使用财政资金，减少了预算执行的随意性，强化了预算的严肃性，加强了对财政资金运行的监督。
从发挥监督作用的关键环节入手，形成资金权力正确行使有效机制
监督起着促进制度落实、防止资金权力异化的重要作用。因而注重监督机制创新，完善监督程序，整合监督力量，成为水利部做好国库制度改革的重要内容。
日常监控是提高水利资金安全性，防范资金风险的重要措施。水利部对预算单位提交的用款计划认真审查、复核,凡是发现有不符合规定和不按要求编报的,责成改正。严格资金额度下达、资金直接拨付等各项内部操作规程,注重各工作环节之间的连续完整和互相监控，把好对账关。通过这种多向监管机制,有效消除资金拨付的隐患。
改革前，有许多单位的钱究竟花在哪儿，谁都说不清楚，形成支出后，往往需要事后查账才能明白。国库集中支付后，水利部通过与代理银行支付网络系统的联接,实现了对财政资金使用和流向的动态监控，通过部国库动态监控系统，每一笔钱从国库出来后到商品和劳务供应者手中，流向清清楚楚，促使财政资金花得合理，花得明白。各级预算单位也通过运用信息网络技术提高监控的时效性，实现了预算执行监控的透明化、动态化，起到了及时发现问题和解决问题,控制、遏制违规问题发生的作用，保证了财政资金使用的安全性、规范性和有效性，推动了财政资金使用监督运行机制的创新，这是传统的支付方式难以做到的。最近水利部加强在线实时监控工作，发现一些违规和不规范支付财政资金的问题，如连续大额提现、违规采购、不按规定程序履行归垫手续擅自向自有资金账户拨付财政资金等，针对不同问题，水利部及时通知相关单位进行处理，做到事中控制，使问题能够及时得到纠正，同时也避免了问题和违纪事项的发生。[page]
财政直接支付的管理方式决定了这种资金拨付，需要有健全、合理的支付依据，通过财政专员办及上级预算单位的审核，才能够上报。因此，除了单位自身建立健全内部管理制度，实行良好的内部控制外，外部还有一定的监督约束机制。为了更好地通过外部监督，提高资金的安全性，避免单位的随意开支行为，尼尔基公司、右江公司非常重视财政国库管理制度改革的信息传送，与当地财政部专员办积极配合，使专员办能够及时、准确地掌握工程价款的支付情况，对实行中的问题及时进行检查和指导，对资金的安全使用起到了有效的监督作用。南科院为了做好国库集中支付工作，自行开发了财政授权支付管理系统，实现了对财政授权额度收支余额的实时监控，确保各项支出严格按预算执行。
开始进行国库集中支付改革试点时，许多单位都存有顾虑，担心调控的资金少了，局部利益受损失。通过5年的实践，这项改革受到了普遍欢迎，认为国库集中支付提供了一种有效的制度控制手段，有利于从源头上预防和治理腐败，同时，也发挥了国库动态监控系统的巨大威慑作用，为工程安全、资金安全、干部安全筑起了一道牢固的屏障。
