当工程审计发现问题时，应立即采取一系列措施进行妥善处理：
1.应详细记录审计中发现的问题，包括问题的性质、影响范围及潜在风险。
2.针对具体问题，组织相关部门和专业人员进行深入分析，明确问题产生的原因和责任主体。
3.制定整改措施，要求责任单位或个人限期整改，并对整改情况进行跟踪审计，确保问题得到有效解决。
4.若问题涉及违法违规行为，还应及时向有关部门报告，依法追究相关责任人的法律责任。
5.应建立健全审计反馈机制，及时将审计结果和整改情况向相关部门和领导汇报，以便加强管理和监督，防止类似问题再次发生。
工程审计的前期工作主要集中在工程项目的准备阶段。
1.主要审查《工程承包合同》的合规性、完整性以及双方履约能力，同时审查工程施工准备工作情况，包括施工组织设计的先进性、现场施工队伍和机械设备的配置情况，以及内控制度的建立与完善程度。
2.还需对工程预算编制进行审查，确保预算定额的合理性和内容的完整性，中期审计则主要围绕成本效益情况进行，通过对人工费、材料费、机械使用费、直接费和间接费等构成成本的五大要素进行逐一审查，找出薄弱环节并提出对策和建议。
3.还需关注安全、质量、工期的执行情况，以及内控制度的贯彻实施情况，对工程结算和会计核算的审计也是中期审计的重要内容，确保工程价款收入支出的真实性和合规性。
工程审计终结阶段主要侧重于经济责任审计，通过对工程项目的工期、质量、安全、效益及国有资产的安全完整等方面进行审计，从而对项目负责人的管理绩效作出评价。
1.在终结审计中，需要对完工后的各项资产进行清查核实，防止资产流失；
2.审查是否完成工程承包合同规定的各项指标，有无违反国家财经纪律的行为；
3.关注工程是否按期交工并办理了竣工结算，以及财务决策是否符合规定；
4.分析工程期间是否发生安全质量事故及其原因责任，并审查是否按国家规定及时全部交纳了各种税金。
找法网提醒，在工程项目审计中，还应注意以下几个问题：
1.对分包工程和分包合同的审计，要着重审查分包合同的订立和管理情况；
2.对在建工程的审计，要严格审查在建工程所列项目是否真实以及计价列账是否合规；
3.从审计的自身条件来看，应加强对审计人员的业务培训，提高工作水平以确保工程项目审计的质量。
