专项扣除申报晚了，多扣的税确实可以申请退还。当纳税人因为各种原因未能及时申报个人所得税专项扣除，导致预缴税款过多时，可以在后续的年度汇算中进行调整，并申请退还多缴的税款。
1.具体来说，如果上年度综合所得收入额不足6万元，但平时预缴了个人所得税；
2.或者上年度有符合条件的专项附加扣除，但预缴税款时没有申报；
3.以及其他如因就业、退职等原因导致扣除不充分的情况，都可以在年度汇算时申请退税。
找法网提醒，可以申请个人所得税退税的具体情形包括但不限于以下几种：
1.上年度综合所得收入额不足6万元，但平时预缴过个人所得税的。
2.上年度有符合条件的专项附加扣除（如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等），但预缴税款时没有申报的。
3.因年中就业、退职或者部分月份没有收入等原因，导致减除费用6万元、“三险一金”等专项扣除、专项附加扣除等扣除不充分的。
4.没有任职受雇单位，仅取得劳务报酬、稿酬、特许权使用费所得，需要通过年度汇算办理各种税前扣除的。
5.纳税人取得劳务报酬、稿酬、特许权使用费所得，年度中间适用的预扣率高于全年综合所得年适用税率的。
6.预缴税款时，未申报享受或者未足额享受综合所得税收优惠的，如残疾人减征个人所得税优惠等。
7.有符合条件的公益慈善事业捐赠支出，但预缴税款时未办理扣除的。
个人所得税退税的操作流程相对明确，具体步骤如下：
1.准备申报。安装并打开个人所得税软件，进行注册登录后，进入年度汇算模块。在申报界面，可以选择使用已申报数据填写或自行填写两种方式，为了方便快捷，推荐使用已申报数据填写。
2.确认信息。需要对个人基础信息、汇缴地、已缴税额等信息进行确认，确保信息的准确性。
3.填报数据。在确认预填的收入和扣除信息无误后，可直接点击下一步进行后续操作。
4.计算税款。系统将自动根据填报的数据计算本年度综合所得应补（退）税额。
5.提交申报。确认计算结果无误后，点击提交申报按钮完成申报。
6.退（补）税。如果存在多预缴税款的情况，可以选择申请退税。按照系统提示操作即可完成退税申请。
