楼顶房子存在违章建筑时，城乡规划部门可以依法采取措施进行处理：
1.一旦确认物业在楼顶进行了违法建设活动，城乡规划部门有权责令建设者立即停止建设活动，并限期拆除该违章建筑。
2.如果建设者未能在规定期限内自行拆除，城乡规划部门将有权采取进一步的强制措施，包括但不限于强制拆除。
3.这一处理流程主要依据的是《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定。该法明确规定，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的行为，均属于违法行为，将受到法律的制裁。
城乡规划部门作为执法主体，有责任确保城市规划的顺利实施，维护公共利益和社会秩序。
找法网提醒您，对于楼顶违建的责令拆除工作，城乡规划部门将依法进行。
1.城乡规划部门将向违建者发出书面通知，明确告知其违建行为的事实、理由和依据，并要求其在规定期限内自行拆除。
2.如果违建者未能在规定期限内拆除，城乡规划部门将依法采取进一步的强制措施。
3.在责令拆除的过程中，城乡规划部门将严格按照法定程序进行，确保执法活动的合法性和公正性。
4.为了保障当事人的合法权益，城乡规划部门在作出责令拆除决定前，将充分听取当事人的陈述和申辩，并对其进行核实。
5.如果当事人对责令拆除决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
