保密协议中的违约金约定方式主要包括支付违约金和赔偿损失两种形式。
1.根据《劳动合同法》第二十三条的规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同或保密协议中约定保密义务和竞业限制条款。如果劳动者违反这些约定，应当按照约定向用人单位支付违约金。
2.违约金的具体数额和计算方式可以由双方在保密协议中明确约定。法律允许双方自主决定是否设定违约金条款，并在违约发生时按照约定支付一定金额的违约金，或者约定损失赔偿额的计算方法。
3.如果约定的违约金过低或过高，无法真实反映违约带来的实际损失时，人民法院或仲裁机构有权根据实际情况进行调整。
找法网提醒，保密协议中不能直接设定违约金。
1.根据《劳动合同法》的规定，保密协议若直接约定违约金，则存在被认定为无效的风险。因此，在签订保密协议时，双方应避免直接约定违约金条款。
2.保密协议中仍然可以约定违约责任。双方可以明确违反保密义务的后果，包括赔偿损失、承担律师费、诉讼费等。
商业秘密违约金对应的是商业秘密侵权所导致的损失。对于商业秘密的违约金约定，可以采用两种方式：
1.采用惩罚性违约金约定。这种方式可以按照略高于预期损失的方式确定违约金的具体数额。惩罚性违约金的设定旨在通过增加违约成本来遏制潜在的侵权行为，从而保护商业秘密的安全。
2.约定因商业秘密违约产生的损失赔偿的计算方式。这种方式更加灵活和具体，可以根据实际情况来确定违约金的数额。
