动迁协议补偿存在诉讼时效。
具体来说，拆迁补偿的诉讼时效为六个月，自知道或应当知道行政行为作出之日或被侵害之日起计算。若因不可抗力或其他非自身原因耽误了起诉期限，被耽误的时间不计入起诉期限。
针对房屋拆迁补偿的起诉，存在两种途径：
1.民事诉讼：当拆迁人与被拆迁人达成协议后，若一方或双方反悔，并仅就房屋补偿、安置等问题产生纠纷，可以依法向人民法院提起民事诉讼。
拆迁补偿安置协议是一种民事合同，对双方具有约束力。当一方不履行或履行不符合约定时，另一方可以向法院提起民事诉讼，要求对方承担相应民事责任。
2.行政诉讼：当拆迁人与被拆迁人或拆迁人、被拆迁人与房屋承租人无法达成拆迁补偿安置协议时，应先经当事人申请，由同级拆迁管理部门进行行政裁决。
只有对行政裁决不满时，方可提起行政诉讼。行政裁决是行政诉讼的前置程序。
任何一方当事人或对行政裁决有法律上利害关系的公民、法人或其他组织，对裁决不服的，可以在裁决书送达之日起3个月内向人民法院起诉。
1.在房屋拆迁补偿纠纷中，行政裁决是一种前置程序。
当双方无法达成协议时，应先由同级拆迁管理部门进行裁决。对裁决不服的，当事人才可提起行政诉讼。
2.人民法院在受理行政诉讼时，会对行政裁决的事实认定、行政程序、法律适用、有无超越职权和滥用职权等进行全面合法性审查。
3.在发生拆迁补偿纠纷时，如果当事人通过协商无法解决问题，被侵害权益的一方可以通过诉讼途径解决。
4.但需要注意的是，拆迁补偿纠纷的诉讼时效为六个月，起诉人需要在规定的期限内提起诉讼，否则将失去追诉的权利。
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