根据《营业税暂行条例实施细则》第十六条规定，从事建筑业的“包工不包料”模式，施工单位在计算营业税时，应将甲方提供的材料价值纳入计税基数。具体到企业所得税的计算，则有所区别。
如果甲方供应的材料不包含在合同价款中，并且由甲方直接采购，那么在计算企业所得税时，这部分材料价款并不计入施工单位的收入总额。
这样的处理方式表明，虽然营业税和企业所得税在税收入确认上存在不同，但都必须遵循各自的税收规定。
企业所得税的计算涉及对营业税的配比和发票开具的一致性问题。
在上述案例中，施工单位取得的80万元工程款和开出的建安发票额度相同，这部分是企业所得税收入确认的基础。但营业税(费)是按合同总额100万元来计提的。这里的关键是处理20万元材料款的问题。
由于这部分款项已在甲方账上体现并且施工单位无法取得相应发票，这笔款项不应计入施工单位的企业所得税收入。
面对营业税和企业所得税的差异，施工单位在会计处理上应当区分对待。
1.在不影响甲方会计处理的前提下，乙方应根据税法规定和收入确认原则，对80万元和20万元分别做账。
2.80万元作为实际取得的收入确认为营业收入，同时开具相应的发票；而20万元虽然不能作为营业收入，但也要在会计账目中适当体现，以符合税法规定，确保税务处理的正确性。
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