拖欠工程款超过了诉讼时效的处理方法是：
1.可以查找是否存在诉讼时效中断，重新计算的情形。
2.超过诉讼时效期间，尽量考虑通过友好协商，促进当事人双方就原借条、欠条达成还款协议。
《民法典》第一百九十二条
诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。
找法网提醒您，拖欠工程款会超过诉讼时效的时间是3年后。
《民法典》第一百八十八条【普通诉讼时效、最长权利保护期间】向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
1.原告资格：原告是与本案有直接利害关系的公民、法人或其他组织；
2.被告明确性：有明确的被告，即原告认为侵犯了自己的权益或与之发生争议的公民、法人或其他组织必须明确；
3.具体诉讼请求和事实、理由：有具体的诉讼请求，即原告要求人民法院确认或保护的民事权益内容及范围必须具体；同时，需要有事实和理由支持这些诉讼请求；
4.管辖权：属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
