农村土地确权后有争议的处理方法是：
当事人可以到当地乡政府或土地管理所请求处理；乡镇不受理的当事人可直接向县政府申请，由受理机关对土地纠纷先行调解，调解无效的作出处理决定；当事人对处理决定不服的，可以在接到处理决定后30日内向人民法院起诉。
《土地管理法》第十四条
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
1.承包地无法复垦或已经进行土地调整；
2.承包地被依法征用或被公益事业占用
3.承包面积与实际种植面积不符；
5承包地进行综合整治；
6.承包地出现历史遗留纠纷等诸如以上此类。
《土地管理法》第十一条
农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理；已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理；已经属于乡镇农民集体所有的，由乡镇农村集体经济组织经营、管理。
找法网提醒您，因土地确权后存在纠纷的，起诉书内容有：
1.原告的姓名、性别、年龄、民族、职业、工作单位、住所、联系方式，法人或者其他组织的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务、联系方式；
2.被告的姓名、性别、工作单位、住所等信息，法人或者其他组织的名称、住所等信息；
3.诉讼请求和所根据的事实与理由；
4.证据和证据来源，证人姓名和住所。
