店铺遇拆迁补偿方法是：
依法支付替代店面土地的价差损失、经营损失、停业停产损失、店面机器设备等固定资产的损失、解聘员工的安置补偿、搬迁费或者提供周转用房。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条
作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
（一）被征收房屋价值的补偿；
（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。
第二十二条
因征收房屋造成搬迁的，房屋征收部门应当向被征收人支付搬迁费；选择房屋产权调换的，产权调换房屋交付前，房屋征收部门应当向被征收人支付临时安置费或者提供周转用房。
第二十三条
对因征收房屋造成停产停业损失的补偿，根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定。具体办法由省、自治区、直辖市制定。
找法网提醒您，商铺拆迁补偿协议应当包含的内容有：
1.拆迁单位与被拆迁人的基本信息；
2.被拆迁商铺的基本信息（位置、面积、产权证号等）；
3.拆迁补偿方式及标准（货币补偿或实物置换）；
4.拆迁安置补偿费标准及给付方式；
5.搬迁日期；
6.违约责任；
7.争议解决方式；
8.生效条件；
9.其他条款；
10.协议双方签字或盖章；
11.协议签订日期及地点。
拆迁补偿诉讼时效是六个月，自知道或者应当知道作出行政行为之日或被侵害之日起计算。公民、法人或者其他组织因不可抗力或者其他不属于其自身的原因耽误起诉期限的，被耽误的时间不计入起诉期限。
《行政诉讼法》第四十六条
公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。
