1.主体不同。合并主体是公司，收购主体是收购公司与目标公司股东；
2.效力不同。合并的后果是公司实体的变化，收购的后果是目标公司控股股东的变化；
3.性质不同。合并是双方协商合作的结果，收购包括要约收购；
4.程序和法律适用不同。合并遵守《中华人民共和国公司法》，收购遵守《中华人民共和国证券法》。
找法网提醒，公司合并股东同意是必须经代表2/3以上表决权的股东通过；股份有限公司的股东大会必须经出席会议的股东所持表决权的2/3以上通过。同时股东大会只有在出席会议的股东人数达到股东总人数的一定比例时才能召开。
《中华人民共和国公司法》第一百零三条【股东表决权】股东出席股东大会会议，所持每一股份有一表决权。但是，公司持有的本公司股份没有表决权。股东大会作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权过半数通过。但是，股东大会作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。
公司合并程序的具体程序是：
1.董事会制订合并方案；
2.签订公司的合并协议；
3.编制资产负债表和财产清单；
4.合并决议的形成；
5.向债权人通知和公告；
6.合并登记。
《公司法》第一百七十三条
公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
