1.鉴定机构不同，工伤鉴定的鉴定机构是社保局；司法鉴定的鉴定机构是持有鉴定资质的有关机构；
2.鉴定标准不同，工伤鉴定的鉴定标准有大概400多项；司法鉴定的鉴定标准只有大概200多项，从鉴定标准的范围来看，简单理解就是，工伤鉴定能鉴定到十级的，在司法鉴定中不一定能鉴定的到伤残；
3.鉴定流程不同，工伤鉴定需要先做工伤认定，认定为工伤后才能做工伤鉴定；司法鉴定，在其伤情稳定后即可委托鉴定机构进行鉴定。
法律依据：《司法鉴定程序通则》第三十九条
司法鉴定意见书应当一式四份，三份交委托人收执，一份由司法鉴定机构存档。司法鉴定机构应当按照有关规定或者与委托人约定的方式，向委托人发送司法鉴定意见书。
投诉司法鉴定人违法可以到鉴定人执业的司法鉴定机构，或者司法鉴定人所在地的市、州级司法行政机关，也可以向省级司法行政机关投诉。投诉人可采用书信、电子邮件、传真、电话、走访等方式投诉，并具实署名。投诉人应如实反映情况，投诉内容应详实、具体、明确，并提供相应的证据材料。
法律依据：《司法鉴定执业活动投诉处理办法》第十条
司法行政机关收到投诉材料后，应当即时填写《司法鉴定执业活动投诉登记表》。登记表应当载明投诉人及其代理人的姓名（名称）、性别、职业、住址、联系方式，被投诉人的姓名（名称）、投诉事项、投诉请求、投诉理由以及相关证明材料目录，投诉的方式和时间等信息。
找法网提醒您，鉴定会在三十个工作日内出结果。
《司法鉴定程序通则》第二十八条
司法鉴定机构应当自司法鉴定委托书生效之日起三十个工作日内完成鉴定。
鉴定事项涉及复杂、疑难、特殊技术问题或者鉴定过程需要较长时间的，经本机构负责人批准，完成鉴定的时限可以延长，延长时限一般不得超过三十个工作日。鉴定时限延长的，应当及时告知委托人。
司法鉴定机构与委托人对鉴定时限另有约定的，从其约定。
在鉴定过程中补充或者重新提取鉴定材料所需的时间，不计入鉴定时限。
