员工违反劳动纪律一般不可以扣工资，但如果员工因本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿可以从员工的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。如果扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
当事人双方可以先协商处理，如果无法协商解决，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
根据《劳动争议调解仲裁法》第五条规定，发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
如果劳动者是严重违反劳动纪律的，用人单位可以开除劳动者，并且不用支付经济补偿或赔偿金。
找法网提醒您，根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。
