公司收取保证金是不合法的。根据相关法律规定，若是有此种行为的，会被责任退还给本人，还会罚款的行政处罚。根据相关法律规定，给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
找法网提醒您，根据《民法典》第三条民事主体的人身权利、财产权利以及其他合法权益受法律保护，任何组织或者个人不得侵犯。
《劳动合同法》第九条用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。
1.向劳动监察部门投诉。劳动监察部门是专门负责监督企业劳动保障法规执行情况的政府部门，如果企业收取保证金，可以向劳动监察部门投诉，要求其依法查处。
2.向工会投诉。工会是代表工人权益的机构，如果企业收取保证金，可以向工会投诉，请求其协调处理。
3.向法院起诉。如果企业收取保证金，可以向在仲裁不服后法院起诉，要求其退还并赔偿损失。
公司收取保证金可以申请劳动仲裁，如果入职时单位存在收取保证金的现象，可以向当地劳动监察部门申诉、控告，也可以申请劳动仲裁。
《中华人民共和国劳动合同法》第九条用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。
第八十四条用人单位违反本法规定，以担保或者其他名义向劳动者收取财物的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
