企业合并后员工选择离开的是有补偿的。公司合并后，被合并公司的员工，因薪酬、岗位、福利等因素变化，员工有权自由选择去留。若员工选择离开，公司需要对员工进行相应补偿，可以以现金、股权或者债权等方式支付。一般情况下，公司合并、破产、重整等，用人单位都应该给予劳动者相应补偿。
1.协商
劳动争议发生后，劳动者可与用人单位自行协商，达成新的协议或者有过错的一方改正错误，消除争议。
2.调解
发生劳动争议后，劳动者可以向本单位的劳动争议调解委员会提出申请，请求调解。调解申请，应当自知道或应当知道权利被侵害之日起30日内提出。
3.仲裁
仲裁是处理劳动争议的必经程序。劳动者申请劳动争议仲裁，应自劳动争议发生之日起60日内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。劳动争议仲裁委员会受理的劳动争议范围包括：因企业开除、除名、辞退职工和职工辞职、自动离职发生的争议;因执行国家有关工资、保险、福利、培训、劳动保护规定发生的争议;因履行劳动合同发生的争议;因法律、法规规定的其他劳动争议等。
4.诉讼
劳动争议当事人对仲裁裁决不服的，可在收到仲裁裁决书之日起15日内向人民法院起诉。但需注意，未经劳动争议仲裁委员会仲裁的劳动争议案件，法院不予受理。
找法网提醒您，经济补偿金纠纷申请仲裁的时效是1年，在当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起的一年内，可以通过申请劳动仲裁的方式来解决劳动争议，维护其合法权益。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条
【仲裁时效】劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
