发包人拒不支付工程款的处理方式是，有约定的按约定；没有约定的，协议优先；协商不成的可以申请调解；调解不成的可以向法院起诉；当事人有签订仲裁协议或仲裁条款的，可以申请仲裁机构进行仲裁。行为人不申请调解的，也可以起诉或仲裁。
找法网提醒您，发包人拒不支付工程款的诉讼时效为三年，从知道或应当知道拖欠行为起算。我国法律规定诉讼时效可以通过一定的主张权利行为得以中断，中断后诉讼时效可以重新计算。
法律依据：《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护;有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
发包人拖欠工程款的起诉费由原告先行支付，最终由败诉方负担。
根据《诉讼费用交纳办法》的有关规定，案件受理费由原告预交。诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。部分胜诉、部分败诉的，人民法院根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。共同诉讼当事人败诉的，人民法院根据其对诉讼标的的利害关系，决定当事人各自负担的诉讼费用数额。
