国家占用耕地的补偿是根据土地的面积，还有就是土地前三年的平均产值来进行赔偿。国家征收农民土地按照土地原用途补偿，足额支付土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗的补偿费，征收土地是耕地的补偿费应当为该耕地被征收前三年平均年产值的六至十倍。
《中华人民共和国土地管理法》第四十八条征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。征收农用地的土地补偿费、安置补助费标准由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定。制定区片综合地价应当综合考虑土地原用途、土地资源条件、土地产值、土地区位、土地供求关系、人口以及经济社会发展水平等因素，并至少每三年调整或者重新公布一次。征收农用地以外的其他土地、地上附着物和青苗等的补偿标准，由省、自治区、直辖市制定。
找法网提醒您，国家占用耕地补偿款纠纷的诉讼时效是6个月时间。
《行政诉讼法》第四十六条
公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。
因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。
土地补偿费归集体所有，分配给本集体经济组织的所有成员；安置补助费归土地承包人所有，分配给在承包期内失地的土地承包人；青苗及地上附着物补偿费归经营种植者和附着物权利人所有，分配由村集体召开村民会议讨论决定。
《土地管理法实施条例》第二十六条
土地补偿费归农村集体经济组织所有;地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有;需要安置的人员由农村集体经济组织安置的，安置补助费支付给农村集体经济组织，由农村集体组织管理和使用;由其他单位安置的，安置补助费支付给安置单位;不需要统一安置的，安置补助费发放给被安置人员个人或者征得被安置人员同意后用于支付被安置人员的保险费用。
