施工企业被拖欠工程款，以下法律保护施工企业的合法权益：《中华人民共和国民法典》第八百零七条的有关规定，以及《中华人民共和国建筑法》第十八条的相关规定。
《中华人民共和国建筑法》第十八条，建筑工程造价应当按照国家有关规定，由发包单位与承包单位在合同中约定。公开招标发包的，其造价的约定，须遵守招标投标法律的规定。
发包单位应当按照合同的约定，及时拨付工程款项。
《中华人民共和国民法典》第八百零七条，发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除根据建设工程的性质不宜折价、拍卖外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以请求人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。
找法网提醒您，当事人主张对方拖欠工程款的，可以提供以下证据：
1.当事人诉讼主体资格的证据，如营业执照或工商查询资料；
2.双方签订的工程施工合同；
3.当事人对工程量、工程质量共同确认的证据，如工程验收、结算凭证，质检报告等。
根据《民事诉讼法》第六十三条规定，证据包括：
（一）当事人的陈述；
（二）书证；
（三）物证；
（四）视听资料；
（五）电子数据；
（六）证人证言；
（七）鉴定意见；
（八）勘验笔录。证据必须查证属实，才能作为认定事实的根据。
工程款讨要法院起诉流程：
1.当事人起诉，首先应提交起诉书，并按对方当事人人数提交相应份数的副本。
2.根据＂谁主张谁举证＂原则，原告向法院起诉应提交相关材料。
3.当事人向法院提交书证，应填写一式两份证据清单，详细列明提交证据的名称、页数。证据经法院承办人核对后，由承办人在证据清单上 签字盖章，一份交当事人，一份备案。
4.立案庭在当事人履行必须的手续和交齐有关证据材料之后，在七天内，对符合立案条件的，办理立案手续；对不符合立案条件的，依法裁定不予受理。
5.当事人应在收到受理通知书之日起七天内预交案件受理费和其他诉讼费用，如确有困难，可在预交期内向本院提出减、缓、免交的书面申请，逾期不交或者书面申请交未获批准而仍不预交的，本院将裁定按自动撤诉处理。
6.立案手续后，案件由法院排期开庭，当事人应服从法院的各项工作安排，并于结案后到财务室结算诉讼费用，多退少补。
