工程承包合同纠纷的处理：
1.和解或调解；建设工程合同，也可以通过第三方调解。通过和解或调解解决纠纷，可以节省时间、仲裁或诉讼费用，有利于今后的持续沟通与合作，是当事人解决合同纠纷的首选；
2.仲裁；建设工程承包合同当事人不愿和解、调解或者和解不成功的，可以根据达成的仲裁协议将合同争议提交仲裁机构仲裁；
3.诉讼；建设工程承包合同当事人未在合同中订立仲裁条款，发生争议后未达成书面仲裁协议，或者达成的仲裁协议无效的，外合同当事人在内的任何一方都可以向人民法院提起诉讼。
找法网提醒您，建设工程中签订内部承包合同要注意以下问题：
1.应当注意明确承包项目的具体范围。有的施工企业仅是将总包工程的部分或单项工程以内部承包的形式进行分包或转包，故明确实际施工人具体承揽的工程量非常必要。
2.明确工程造价或者劳务费的计价方式。由于实际施工人往往会再次将水电工程或劳务等工程外包，所以，必须明确实际施工人不得突破总包合同和内部承包合同约定的计费方式。
3.明确工程款的收取方式。
4.约定实际施工人负有将合同履行过程中以公司名义或利用项目部印章对外签署的文件（包括但不限于合同、协议、签证、往来函件）等资料提供一套给建筑企业备案，以便于建筑企业掌握工程的详细情况。
5.明确违约责任，并要求实际施工人支付一定金额的合同保证金。
建设工程承包合同无效如下结算工程款：
但建设工程经竣工验收合格的，双方应当按照施工方实际已完成的工程量结算付款。
若建设工程经竣工检验不合格的，施工方应当予以修复，在经修复验收合格后，双方按照施工方实际已经完成的工程量结算付款，但发包方可以要求施工方承担修复费用;如果验收不合格的，发包人可以不支付工程款。
