行政赔偿案件中的赔偿义务机关的确定方式是：
1.行政机关及其工作人员行使行政职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，该行政机关为赔偿义务机关；
2.两个以上行政机关共同行使行政职权时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，共同行使行政职权的行政机关为共同赔偿义务机关；
3.法律、法规授权的组织在行使授予的行政权力时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，被授权的组织为赔偿义务机关；
4.受行政机关委托的组织或者个人在行使受委托的行政权力时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，委托的行政机关为赔偿义务机关；
5.赔偿义务机关被撤销的，继续行使其职权的行政机关为赔偿义务机关；没有继续行使其职权的行政机关的，撤销该赔偿义务机关的行政机关为赔偿义务机关；
6.经复议机关复议的，最初造成侵权行为的行政机关为赔偿义务机关，但复议机关的复议决定加重损害的，复议机关对加重的部分履行赔偿义务。复议机关的复议决定加重损害的，赔偿请求人只对作出原决定的行政机关提起行政赔偿诉讼，作出原决定的行政机关为被告；赔偿请求人只对复议机关提起行政赔偿诉讼的，复议机关为被告。
1.原因不同。行政赔偿所针对的损害是行政机关及其工作人员的违法行为，而行政补偿针对的是合法行为；
2.范围不同。行政赔偿的范围小于行政补偿的范围。行政赔偿受国家赔偿法的限制，国家并非对所有的行政侵权行为都承担赔偿责任；
3.程度不同。行政赔偿对公民、法人或者其他组织的合法权益的补救程度不如行政补偿充分。国家赔偿法针对损害限于人身权和财产权的损害，而行政补偿没有这种限制；
4.程序不同。行政补偿可能是在损害发生之前由于行政机关与公民协商解决，也可能是在损害发生之后由行政机关与之协商解决。行政赔偿只能发生在侵权行为发生之后，由行政机关与公民协商解决。行政补偿和行政赔偿都可以适用于调节。但是，公民因与行政机关对行政补偿不能达成协议而起诉，适用一般的行政诉讼程序;与行政赔偿义务机关对行政赔偿不能达成协议而起诉的，适用行政侵权赔偿诉讼程序。
行政赔偿诉讼时效二年。自国家机关及其工作人员行使职权时的行为被知道或应当知道被侵权之日起计算。赔偿请求人在赔偿请求时效的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，时效中止。从中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期间继续计算。找法网提醒您，行政诉讼应当符合下列条件：
1.原告是符合法律规定条件的公民，法人或者其他组织；
2.有明确的被告；
3.有具体的诉讼请求和事实根据；
4.属于人民法院受案范围和受诉人民法院管辖。
